1. Το Ειδικό Δικαστήριο εάν κρίνει ότι δεν έχει δικαιοδοσία παραπέμπει την υπόθεση στο αρμόδιο τακτικό διοικητικό δικαστήριο ή το Ελεγκτικό Συνέδριο. Η παραπεμπτική απόφαση είναι δεσμευτική για το δικαστήριο στο οποίο γίνεται η παραπομπή.
2. Το τακτικό διοικητικό δικαστήριο ή το Ελεγκτικό Συνέδριο, εάν κρίνει ότι στη διαφορά που έχει εισαχθεί απευθείας σε αυτό ανακύπτουν νομικά ζητήματα, η επίλυση των οποίων μπορεί να επηρεάσει τη μισθολογική, συνταξιοδοτική ή φορολογική κατάσταση ευρύτερου κύκλου προσώπων, παραπέμπει τη διαφορά αυτή στο Ειδικό Δικαστήριο. Το τακτικό διοικητικό δικαστήριο ή το Ελεγκτικό Συνέδριο κρίνει το ζήτημα της παραπομπής σε κάθε στάση της δίκης και σε κάθε βαθμό δικαιοδοσίας. Η παραπεμπτική απόφαση, όταν καταστεί αμετάκλητη, είναι δεσμευτική για το ειδικό δικαστήριο.
3. Εάν η ίδια διαφορά μεταξύ των ίδιων διαδίκων εκκρεμεί ενώπιον του Ειδικού Δικαστηρίου και τακτικού διοικητικού δικαστηρίου ή του Ελεγκτικού Συνεδρίου, η διαδικασία ενώπιον του τακτικού διοικητικού δικαστηρίου ή του Ελεγκτικού Συνεδρίου αναστέλλεται υποχρεωτικά μέχρι να εκδοθεί απόφαση από το Ειδικό Δικαστήριο. Η απόφαση του Ειδικού Δικαστηρίου που κρίνει οριστικά τη διαφορά συνεπάγεται την κατάργηση αυτοδικαίως της δίκης ενώπιον του τακτικού διοικητικού δικαστηρίου ή του Ελεγκτικού Συνεδρίου.
4. Αν η ίδια διαφορά, μεταξύ των ίδιων διαδίκων, κρίθηκε από το Ειδικό Δικαστήριο και από τακτικό διοικητικό δικαστήριο ή το Ελεγκτικό Συνέδριο, υπερισχύει η απόφαση του Ειδικού Δικαστηρίου.
5. Επιτρέπεται η άσκηση ενώπιον του Ειδικού δικαστηρίου ενδίκου βοηθήματος αρνητικού αναγνωριστικού χαρακτήρα.