Στο Υπουργείο Αιγαίου συνιστώνται 25 θέσεις μόνιμου προσωπικού. Η κατανομή των θέσεων αυτών σε κλάδους ή ειδικότητες και ο καθορισμός των προσόντων τους θα γίνει με προεδρικό διάταγμα, που εκδίδεται με πρόταση των Υπουργών Οικονομίας και Οικονομικών, Εσωτερικών, Δημόσιας Διοίκησης και Αποκέντρωσης και Αιγαίου.