1. Για την άσκηση των αρμοδιοτήτων της η Ρ.Α.Λ. εισπράττει τέλος, το οποίο επιβάλλεται και εισπράττεται ετησίως με απόφαση των Υπουργών Οικονομικών, Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης και Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής επί των φορέων διοίκησης και εκμετάλλευσης λιμένων. Το ύψος του τέλους δεν μπορεί να είναι ανώτερο από 0,3% των ετήσιων μικτών εσόδων των Οργανισμών Λιμένων Α.Ε., καθώς και των καθολικών ή ειδικών διαδόχων τους και από το 0,2% των λοιπών φορέων διοίκησης και εκμετάλλευσης λιμένων, όπως ορίζονται στην κοινή υπουργική απόφαση 8111/41/2009 (Β΄ 412), συμπεριλαμβανομένων των Δημοτικών και Κρατικών Λιμενικών Ταμείων, καθώς και των ιδιωτικών φορέων εκμετάλλευσης λιμένων. Με απόφαση των ανωτέρω Υπουργών ρυθμίζονται θέματα σχετικά με τη διαδικασία είσπραξης και απόδοσης του τέλους αυτού.
Μέχρι την έκδοση της προβλεπόμενης στο προηγούμενο εδάφιο κοινής υπουργικής απόφασης, για τα θέματα που αφορούν τη διαδικασία είσπραξης και απόδοσης του ως άνω τέλους εφαρμόζονται οι διατάξεις της υπ’ αριθμ. 340/2014 (Β΄ 924) κοινής υπουργικής απόφασης «Καθορισμός τέλους για τη χρηματοδότηση της Ρυθμιστικής Αρχής Λιμένων (Ρ.Α.Λ.)», η οποία εξεδόθη κατ’ εξουσιοδότηση της παρ. 11 του άρθρου 43 του ν. 4150/2013, όπως ισχύει.
2. Στον τακτικό προϋπολογισμό του Υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής είναι δυνατόν να εγγράφεται δαπάνη υπέρ της Ρ.Α.Λ. σε ποσοστό που δεν μπορεί να υπερβαίνει το δέκα τοις εκατό (10%) του ετήσιου προϋπολογισμού της για τις ασκούμενες υπέρ του Υπουργείου αυτού αρμοδιότητές της, με τη σύμφωνη γνώμη της Γενικής Διεύθυνσης Οικονομικών Υπηρεσιών.
3. Πόροι της Ρ.Α.Λ. αποτελούν και οι πάσης φύσεως επιδοτήσεις, επιχορηγήσεις, χρηματοδοτήσεις ερευνητικών προγραμμάτων και κάθε άλλο έσοδο που προέρχεται από την Ευρωπαϊκή Ένωση ή από διεθνείς οργανισμούς.
4. Οι πόροι της Ρ.Α.Λ. εισπράττονται για λογαριασμό της και κατατίθενται σε τραπεζικό λογαριασμό, τη διαχείριση του οποίου έχει η Ρ.Α.Λ..
5. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης, Οικονομικών και Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής καθορίζονται τα Δημοτικά Λιμενικά Ταμεία όλων των νησιωτικών περιοχών, που δύνανται για λόγους προστασίας της νησιωτικότητας να εξαιρούνται από την καταβολή του τέλους της παραγράφου 1 του παρόντος.
