1. Οι δαπάνες λειτουργίας της Γενικής Γραμματείας Ψηφιακής Πολιτικής βαρύνουν τον Κρατικό Προϋπολογισμό. Οι αναγκαίες πιστώσεις εγγράφονται κάθε έτος σε ειδικό φορέα του προϋπολογισμού του Υπουργείου Οικονομικών. Κύριος Διατάκτης των πιστώσεων ορίζεται ο Γενικός Γραμματέας Ψηφιακής Πολιτικής, ο οποίος αναλαμβάνει με αποφάσεις του τις σχετικές υποχρεώσεις.
2. Η Υπηρεσία Δημοσιονομικού Ελέγχου του Υπουργείου Οικονομικών και η Υπηρεσία Επιτρόπου του Ελεγκτικού Συνεδρίου του Υπουργείου Οικονομικών εξυπηρετεί και τη Γενική Γραμματεία Ψηφιακής Πολιτικής.