1. Ο οικονομικός έλεγχος της Επιτροπής ασκείται από τον Υπουργό Οικονομίας και Οικονομικών και περιλαμβάνει την έγκριση του προϋπολογισμού και του απολογισμού, καθώς και την άσκηση διαχειριστικού ελέγχου.
2. Κάθε χρόνο γίνεται έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης της Επιτροπής για τον προηγούμενο χρόνο από δύο ορκωτούς λογιστές, που ορίζονται από το Σώμα Ορκωτών Ελεγκτών μετά από σχετική αίτηση της Επιτροπής. Το πόρισμα του ελέγχου κοινοποιείται στον εποπτεύοντα Υπουργό μέσα σε ένα μήνα από την υποβολή του στην Επιτροπή. Ο Υπουργός μπορεί οποτεδήποτε να διατάξει έκτακτο έλεγχο οικονομικής διαχείρισης. Οι δαπάνες των ελέγχων βαρύνουν την Επιτροπή.
3. Το οικονομικό έτος αρχίζει την 1η Ιανουαρίου και λήγει την 31η Δεκεμβρίου κάθε έτους. Δύο μήνες πριν από την έναρξη κάθε έτους συντάσσεται ο προϋπολογισμός του επόμενου οικονομικού έτους και μέσα σε τρεις μήνες από την έναρξή του συντάσσεται ο απολογισμός του προηγούμενου οικονομικού έτους. Ο προϋπολογισμός και ο απολογισμός συντάσσονται από τον Γενικό Διευθυντή, εγκρίνονται από το Δ.Σ. και στη συνέχεια υποβάλλονται προς έγκριση στον εποπτεύοντα Υπουργό.
4. Για κάθε πίστωση που δεν προβλέπεται στον αρχικό προϋπολογισμό, καθώς και για κάθε τροποποίηση αυτού και του απολογισμού απαιτείται απόφαση του Δ.Σ. της Επιτροπής και έγκριση του Υπουργού Οικονομίας και Οικονομικών.
