Η ΜΟ.Μ.ΚΑ. έχει τις εξής αρμοδιότητες:
α) εξετάζει αιτήματα φορέων για τη μελέτη και την εκτέλεση έργων τοπικού ενδιαφέροντος, λαμβάνοντας υπόψη τη δυνατότητα διάθεσης από τα Γενικά Επιτελεία του προσωπικού και των μέσων που απαιτούνται για την ανάληψη της υπόψη μελέτης ή του έργου, τη δυνατότητα κάλυψης του κόστους για την ολοκλήρωσή τους και το γενικότερο επιχειρησιακό όφελος που προκύπτει από την υλοποίησή τους,
β) εισηγείται προς τον Υπουργό Εθνικής Άμυνας την έγκριση ή όχι της σύμπραξης του ΥΠ.ΕΘ.Α. στην υλοποίηση ορισμένης μελέτης ή έργου,
γ) συνομολογεί με τον αντισυμβαλλόμενο φορέα τους όρους των σχετικών προγραμματικών συμβάσεων και προωθεί αυτές στον Υπουργό Εθνικής Άμυνας για υπογραφή,
δ) αναλαμβάνει την εκπόνηση των μελετών και την εκτέλεση των έργων και μεριμνά για την ολοκλήρωσή τους, σύμφωνα με τους όρους της προγραμματικής σύμβασης ή σύμφωνα με τους όρους του άρθρου 8,
ε) μεριμνά για τον ποιοτικό έλεγχο της μελέτης ή του έργου και την παράδοσή του στον αντισυμβαλλόμενο φορέα.
