Το αυτοτελές Γραφείο Ποιοτικού Ελέγχου και Συμμόρφωσης υπάγεται απευθείας στον Διοικητή και έχει ως αρμοδιότητες:
α. Την εκπόνηση και τον έλεγχο επάρκειας του συστήματος ποιότητας. Η ανωτέρω διαδικασία υλοποιείται με τη διενέργεια τακτικών και έκτακτων ελέγχων ποιότητας, στις οργανικές μονάδες της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, αναφορικά με την τήρηση των διαδικασιών και προτύπων ποιότητας, όπως έχουν υιοθετηθεί από την Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας.
β. Τον έλεγχο εφαρμογής των κανόνων δικαίου και του εσωτερικού κανονιστικού πλαισίου λειτουργίας της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, σύμφωνα με τα διεθνή και εθνικά πρότυπα.
γ. Την αξιολόγηση του προγραμματισμού, του σχεδιασμού και της εκτέλεσης των λειτουργιών της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας.
δ. Τον έλεγχο πληροφοριακών συστημάτων, προκειμένου να διαπιστωθεί κατά πόσον επιτυγχάνουν τους σκοπούς τους και εάν έχουν ενσωματωθεί σε αυτά επαρκείς ασφαλιστικές δικλείδες και μηχανισμοί ελέγχου.
ε. Το σχεδιασμό και την υποστήριξη μονάδων και υπηρεσιών της.
στ. Την ανάπτυξη, καθιέρωση και αποτελεσματική εφαρμογή των συστημάτων διαχείρισης Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας (ποιότητας, διαχειριστικής επάρκειας, περιβάλλοντος, υγείας και ασφάλειας στην εργασία).
ζ. Την παροχή διαβεβαίωσης περί της επάρκειας των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου της.
η. Την ευθύνη οργάνωσης των διαδικασιών πιστοποίησης της, σύμφωνα με τα απαραίτητα διεθνή πρότυπα ή την κείμενη νομοθεσία.
θ. Την υποβολή εκθέσεων ελέγχου με ευρήματα και εισηγήσεις προς τον Διοικητή και την παρακολούθηση συμμόρφωσης.
