1. Ο Διοικητής επιλέγεται μετά από ανοικτή πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος που δημοσιεύεται στον ιστότοπο του Υπουργείου Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων, τουλάχιστον τέσσερις (4) μήνες πριν την εκπνοή της θητείας του υπηρετούντος Διοικητή. Στην ανοικτή πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος γίνεται ρητή αναφορά στα κριτήρια επιλογής και αναφέρονται τα καθήκοντα και οι αρμοδιότητες του Διοικητή. Ως κριτήρια επιλογής του Διοικητή αναφέρονται, ενδεικτικά, η υψηλή ακαδημαϊκή συγκρότηση και οι ικανότητες διαχείρισης, επιχειρησιακού σχεδιασμού, διοίκησης, η εμπειρία σε αντίστοιχη θέση και καθήκοντα, αλλά και το επαγγελματικό κύρος και τα εχέγγυα ανεξαρτησίας και αμεροληψίας. Για την επιλογή του Διοικητή απαιτείται αιτιολογημένη γνώμη από πενταμελή Επιτροπή Αξιολόγησης που υποβάλλεται στον Υπουργό Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων. Η επιτροπή αυτή συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Υποδομών Μεταφορών και Δικτύων, με αποκλειστικό έργο την αξιολόγηση των υποψηφίων. Τα μέλη της ως άνω Επιτροπής Αξιολόγησης χαίρουν ακαδημαϊκής και επαγγελματικής αναγνώρισης. Η Επιτροπή Αξιολόγησης απαρτίζεται από τρία (3) μέλη που επιλέγονται από την Ελληνική Κυβέρνηση και δύο (2) μέλη που ορίζονται από την Ευρωπαϊκή Υπηρεσία για την Ασφάλεια της Αεροπορίας (EASA - European Aviation Safety Agency).
2. Κατόπιν της διαδικασίας της παραγράφου 2, ο Υπουργός Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων υποβάλει σχετική πρόταση, στην Επιτροπή Θεσμών και Διαφάνειας της Βουλής, για τη διατύπωση της γνώμης της. Ο Διοικητής διορίζεται με Προεδρικό διάταγμα, κατόπιν πρότασης του Υπουργού Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων.
3. Ο Διοικητής της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας (Υ.Π.Α.) είναι Έλληνας πολίτης και προΐσταται των υπηρεσιών της και εποπτεύει τη λειτουργία της. Ο Διοικητής της Υ.Π.Α. εκπροσωπεί την Υπηρεσία στο εσωτερικό της χώρας και διεθνώς. Εγκρίνει εσωτερικές διατάξεις και διαδικασίες λειτουργίας της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας, με τις οποίες ρυθμίζονται θέματα που αφορούν τη λειτουργία και συνεργασία των Διευθύνσεων της Υπηρεσίας. Ο Διοικητής είναι υπεύθυνος έναντι κάθε Αρχής, εθνικής ή διεθνούς, για θέματα που εμπίπτουν στην αρμοδιότητα του. Η θητεία του ορίζεται πενταετής.
