Η Γενική Διεύθυνση Διαχείρισης Αερολιμένων και Υδατοδρομίων υπάγεται στον Υποδιοικητή Διαχείρισης Αερολιμένων και Υδατοδρομίων, έχει την ευθύνη της συνολικής λειτουργίας των Υπηρεσιών Διαχείρισης Αερολιμένων και Υδατοδρομίων και λειτουργεί διοικητικά και οικονομικά ανεξάρτητα. Ο Γενικός Διευθυντής επιλέγεται σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις περί επιλογής των Γενικών Διευθυντών και λαμβάνει αποφάσεις με βάση την κρίση και την συνείδηση του, τους νόμους του Κράτους, το δημόσιο συμφέρον και το ρυθμιστικό πλαίσιο των διεθνών οργανισμών περί Αερολιμένων. Είναι υπεύθυνος έναντι κάθε Αρχής και μεριμνά για την συνεργασία και τον συντονισμό των Διευθύνσεων της Γενικής Διεύθυνσης αλλά και για την συνεργασία με άλλους φορείς, εθνικούς και διεθνείς. Διαρθρώνεται ως ακολούθως:
Α) Διεύθυνση Διαχείρισης Ανθρώπινου Δυναμικού και Διοικητικής Οργάνωσης
Β) Διεύθυνση Οικονομικής Λειτουργίας και Συμβάσεων
Γ) Διεύθυνση Ασφάλειας και Ποιότητας
Δ) Διεύθυνση Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Ηρακλείου
Ε) Διεύθυνση Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Αλεξανδρούπολης
ΣΤ) Διεύθυνση Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Καλαμάτας
Ζ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Αστυπάλαιας
Η) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Αράξου
Θ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Ικαρίας
Ι) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Καλύμνου
ΙΑ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Λήμνου
IB) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Καρπάθου
ΙΓ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Ιωαννίνων
ΙΔ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Μήλου
ΙΕ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Πάρου
ΙΣΤ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Νάξου
ΙΖ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Σύρου
ΙΗ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Νέας Αγχιάλου
ΙΘ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Πάχης Μεγάρων
Κ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Σκύρου
ΚΑ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Κηθύρων
KB) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Χίου
ΚΓ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Καστοριάς
ΚΔ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Κοζάνης
ΚΕ) Τμήμα Λειτουργίας Δημοτικού Αερολιμένα Λέρου
ΚΣΤ) Τμήμα Λειτουργίας Δημοτικού Αερολιμένα Καστελόριζου
ΚΖ) Τμήμα Λειτουργίας Δημοτικού Αερολιμένα Σητείας
ΚΗ) Τμήμα Λειτουργίας Δημοτικού Αερολιμένα Κάσου
ΚΘ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικών Υδατοδρομίων.
