Με απόφαση των Υπουργών Οικονομικών, Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης και Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων εκδίδεται ο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας του Ιδρύματος. Με τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας καθορίζονται ιδίως τα ακόλουθα θέματα, καθώς και όσα προβλέπονται στον παρόντα νόμο:
α. οι αρμοδιότητες των οργάνων του Ιδρύματος, ο τρόπος συγκρότησης και λειτουργίας τους,
β. η διαδικασία και τα όργανα κατάρτισης και δημοσίευσης και των προσκλήσεων εκδήλωσης ενδιαφέροντος για την επιλογή των μελών της Γενικής Συνέλευσης, του Επιστημονικού Συμβουλίου και του Διευθυντή,
γ. η διαδικασία επιλογής των Αναπληρωτών Διευθυντών,
δ. η εξειδίκευση των προσόντων που πρέπει να διαθέτουν τα μέλη του Επιστημονικού Συμβουλίου, τα όργανα και η διαδικασία αξιολόγησης και επιλογής των υποψηφίων,
ε. η εξειδίκευση των προσόντων που πρέπει να διαθέτει ο Διευθυντής και οι Αναπληρωτές, τα όργανα και η διαδικασία αξιολόγησης και επιλογής των υποψηφίων για τις εν λόγω θέσεις,
στ. ζητήματα σύγκρουσης συμφερόντων και εχεμύθειας των μελών των οργάνων του Ιδρύματος και των υπαλλήλων αυτού,
ζ. η διαδικασία παύσης μελών της Γ.Σ., του ΕΣ και του Διευθυντή από τα καθήκοντά τους,
η. η εσωτερική οργανωτική διάρθρωση και ο τρόπος οργάνωσης και λειτουργίας των υπηρεσιών του Ιδρύματος,
θ. η κατανομή των αρμοδιοτήτων, τα δικαιώματα και οι υποχρεώσεις του προσωπικού,
ι. ο κατά κλάδο και ειδικότητα αριθμός των θέσεων του προσωπικού,
ια. η διαδικασία και τα όργανα αξιολόγησης και πρόσληψης του προσωπικού που εργάζονται με συμβάσεις έργου, εργασίας ορισμένου χρόνου και έμμισθης εντολής,
ιβ. οι ειδικότερες υπηρεσιακές υποχρεώσεις, οι πειθαρχικές εξουσίες, τα πειθαρχικά παραπτώματα και τα πειθαρχικά όργανα, καθώς και ο τρόπος επιβολής των πειθαρχικών ποινών,
ιγ. οι λεπτομέρειες σχετικά με την οικονομική διαχείριση του Ιδρύματος,
ιδ. η διαδικασία και τα όργανα κατάρτισης και δημοσίευσης των προκηρύξεων για τα ερευνητικά έργα, τις υποτροφίες και τις λοιπές δράσεις του Ιδρύματος,
ιε. η διαδικασία και τα ειδικότερα στάδια της αξιολόγησης των προτάσεων των δυνητικών δικαιούχων χρηματοδότησης, τα κριτήρια επιλογής των δικαιούχων και ο τρόπος συγκρότησης των επιτροπών αξιολόγησης,
ιστ. η διαδικασία εξέτασης των ενστάσεων των υποψηφίων χρηματοδότησης και ο τρόπος συγκρότησης της επιτροπής ενστάσεων,
ιζ. οι διαδικασίες και τα όργανα ελέγχου, επιθεωρήσεων, επαληθεύσεων των δαπανών των δικαιούχων χρηματοδοτήσεων, καθώς και αναζήτησης των αχρεωστήτως καταβληθέντων ποσών,
ιη. τα όργανα, η διαδικασία κατάρτισης της ετήσιας έκθεσης του Ιδρύματος, η οποία περιλαμβάνει τον οικονομικό απολογισμό και τον απολογισμό πεπραγμένων,
ιθ. η δημιουργία αποθετηρίου αποτελεσμάτων των ερευνητικών προγραμμάτων και λοιπών δράσεων που έχουν χρηματοδοτηθεί από το Ίδρυμα,
κ. η διαδικασία αξιολόγησης των οργάνων και του προσωπικού του Ιδρύματος,
κα. κάθε αναγκαία λεπτομέρεια που αφορά την οργάνωση του Ιδρύματος και κάθε άλλο θέμα αναγκαίο για την εύρυθμη λειτουργία του Ιδρύματος και την εκπλήρωση του σκοπού του.
