Οι δαπάνες λειτουργίας της Ειδικής Γραμματείας Κοινωνικής Ένταξης των Ρομά βαρύνουν τον Προϋπολογισμό του Υπουργείου Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Κοινωνικής Αλληλεγγύης. Οι αναγκαίες πιστώσεις εγγράφονται κάθε έτος σε Ειδικό Φορέα του Προϋπολογισμού του ως άνω Υπουργείου. Κύριος διατάκτης των πιστώσεων ορίζεται ο Ειδικός Γραμματέας Κοινωνικής Ένταξης των Ρομά, ο οποίος αναλαμβάνει με αποφάσεις του τις σχετικές υποχρεώσεις δαπανών.