Άρθρο 46 Ειδικές διατάξεις
1. α) Οι δαπάνες από το ΕΓΤΑΑ και το ΕΤΑ μπορούν να καλυφθούν από κοινοτική χρηματοδότηση μόνο εφόσον έχουν πραγματοποιηθεί ή πιστοποιηθεί από το Διαπιστευμένο Οργανισμό Πληρωμών (ΟΠΕΚΕΠΕ) ή από άλλον φορέα που εξουσιοδοτείται για το σκοπό αυτόν.
β) Οι δημόσιες δαπάνες μπορούν να χρηματοδοτηθούν από το πρόγραμμα δημοσίων επενδύσεων ή από τον τακτικό προϋπολογισμό, όπως κάθε φορά ορίζεται στην απόφαση ένταξης της κάθε πράξης στο ΠΑΑ και στο Ε.Π. Αλιείας. Οι δράσεις των προγραμμάτων ΠΑΑ και Αλιείας που θα εγγραφούν στο ΠΔΕ θα χρηματοδοτηθούν με μεταφορά των πιστώσεων από την Τράπεζα της Ελλάδος στον ειδικό λογαριασμό (ΕΛΕΓΕΠ) που τηρεί σε πιστωτικό ίδρυμα ο Οργανισμός Πληρωμών. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομίας και Οικονομικών και Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων ρυθμίζονται θέματα σχετικά με τη διαδικασία πληρωμών των έργων των προγραμμάτων ΠΑΑ και Ε.Π. Αλιείας που θα βαρύνουν τον ανωτέρω ειδικό λογαριασμό.
γ) Οι πληρωμές εκτελούνται από την τράπεζα του Οργανισμού Πληρωμών εντός πέντε εργάσιμων ημερών από την ημερομηνία χρέωσης του ποσού στο ΕΓΤΑΑ.
δ) Ο ΟΠΕΚΕΠΕ θεσπίζει όλες τις απαραίτητες διαδικασίες προκειμένου να διασφαλίζει ότι οι πληρωμές διενεργούνται στο ακέραιο και αποκλειστικά στον τραπεζικό λογαριασμό είτε του αιτούντος είτε του εντολοδόχου του. Κατά τα λοιπά οι διατάξεις του άρθρου 14 του παρόντος νόμου εφαρμόζονται αναλόγως για όλες τις πράξεις που συγχρηματοδοτούνται από το ΠΑΑ και το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Αλιείας.
2. Οι διατάξεις των άρθρων 5 και 18 του παρόντος νόμου εφαρμόζονται αναλόγως για τις ειδικές υπηρεσίες του ΠΑΑ και του Επιχειρησιακού Προγράμματος Αλιείας.
3. Με αποφάσεις του Υπουργού Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων εξειδικεύονται οι ειδικότεροι όροι και ρυθμίσεις που αφορούν τη διαχείριση, τον έλεγχο και την υλοποίηση του ΠΑΑ και του Επιχειρησιακού Προγράμματος Αλιείας.
4. Ο Διοικητικός Τομέας Προγραμματισμού και Εφαρμογών του Γ' Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης που συστήθηκε στο Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων με την κ.υ.α. των Υπουργών Οικονομικών
- Εσωτερικών, Δημόσιας Διοίκησης και Αποκέντρωσης
- Γεωργίας, αριθ. πρωτ. 399570/10.01.2001 (ΦΕΚ 1363/2001 τ.Β'), όπως συμπληρώθηκε με τις αριθ. πρωτ. 229920/ 20.02.2002 (ΦΕΚ 233/2002 τ.Β' και 222822/22.04.2003 (ΦΕΚ 592/14.05.2003) όμοιες μετονομάζεται σε Διοικητικό Τομέα Κοινοτικών Πόρων και Υποδομών.