Οι δαπάνες που προκαλούνται από τη λειτουργία του Εθνικού Μηχανισμού Διερεύνησης Περιστατικών Αυθαιρεσίας και την εκτέλεση του έργου του, αντιμετωπίζονται στο πλαίσιο των κατ’ έτος εγγεγραμμένων στον προϋπολογισμό του Υπουργείου Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης πιστώσεων, ύστερα από εισήγηση του Συνηγόρου του Πολίτη.