Ο Εθνικός Μηχανισμός έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α. Την εποπτεία της εφαρμογής των αποφάσεων του ΕΔΔΑ και της εναρμόνισης της εθνικής νομοθεσίας και της διοικητικής πρακτικής με αυτές.
β. Τη διατύπωση προτάσεων για την εφαρμογή των αποφάσεων του ΕΔΔΑ και την εναρμόνιση της ελληνικής νομοθεσίας και της διοικητικής πρακτικής με αυτές.
γ. Τη συμβολή στην προώθηση και διάχυση της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Δικαιωμάτων του Ανθρώπου και της νομολογίας του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου Δικαιωμάτων του Ανθρώπου στη Δημόσια Διοίκηση, τη Δικαιοσύνη και την Κοινωνία των Πολιτών.