Τα ΧΕ ακυρώνονται ηλεκτρονικά μέσω του ΟΠΣΔΠ. Τα αντίτυπα των ακυρωθέντων ΧΕ παραμένουν στο αρχείο της υπηρεσίας, με την χειρόγραφη ένδειξη «ΑΚΥΡΟ» και επισημειωματική πράξη του Προϊστάμενου της αρμόδιας για την εκκαθάριση της δαπάνης οργανικής μονάδας. Δεν επιτρέπεται η ακύρωση ΧΕ μετά την αποστολή αιτήματος στη ΔΟΥ για διενέργεια συμψηφισμού απαιτήσεων – οφειλών.