Οποιαδήποτε παράβαση του παρόντος Κανονισμού πρέπει να αναφέρεται στην ΥΠΑ άμεσα. Η ΥΠΑ, κατόπιν αιτιολογημένης απόφασης του Διοικητή της, έχει το δικαίωμα να επιβάλει στον παραβάτη την αναστολή ισχύος της άδειας χειριστή ΣμηΕΑ ή και την ανάκληση αυτής. Επίσης, δύναται να επιβάλει στους χειριστές ΣμηΕΑ, στους εκπαιδευτές και στους εξεταστές το πρόστιμο της παρ. 1 του άρθρου 153 του Κώδικα Αεροπορικού Δικαίου όπως ισχύει και ανάλογα με τη βαρύτητα της παράβασης.
Προ της επιβολής οιασδήποτε ποινής, ο εγκαλούμενος καλείται εγγράφως να διατυπώσει τις απόψεις του για το παράπτωμα που του αποδίδεται, εντός εύλογης προθεσμίας που ορίζεται στο έγγραφο κλήσης σε απολογία. Η επιβολή διοικητικής ποινής από την ΥΠΑ δεν απαλλάσσει τον παραβάτη από τυχόν ποινικές ευθύνες.