1. Με απόφαση του Υπουργού Υγείας αναγνωρίζονται τα Κέντρα Εμπειρογνωμοσύνης σπάνιων και πολύπλοκων νοσημάτων. Κάθε δημόσια μονάδα παροχής υγειονομικής περίθαλψης προκειμένου να αναγνωριστεί ως Κέντρο Εμπειρογνωμοσύνης πρέπει να υποβάλει αίτημα αναγνώρισης, ύστερα από τη θετική γνώμη του Επιστημονικού Συμβουλίου και την έγκριση του Διοικητικού Συμβουλίου του νοσοκομείου ή των αρμόδιων οργάνων του φορέα στον οποίο ανήκει. To αίτημα και ο σχετικός φάκελος υποβάλλονται από τη διοίκηση του νοσοκομείου ή του φορέα στην οικεία Δ.Υ.Πε. και, εφόσον εγκριθούν από αυτήν, διαβιβάζονται στο Τμήμα Έρευνας και Ανάπτυξης της Διεύθυνσης Στρατηγικού Σχεδιασμού του Υπουργείου Υγείας. Το Τμήμα Έρευνας και Ανάπτυξης της Διεύθυνσης Στρατηγικού Σχεδιασμού του Υπουργείου Υγείας προωθεί το αίτημα στην Εθνική Επιτροπή για τα Σπάνια Νοσήματα – Παθήσεις (Ε.Ε.ΣΠ.Ν. – Π.) του Κε.Σ.Υ., η οποία και το εξετάζει κατ’ ουσίαν. Η Εθνική Επιτροπή για τα Σπάνια Νοσήματα – Παθήσεις (Ε.Ε.ΣΠ.Ν. – Π.) αξιολογεί το αίτημα με βάση τα κριτήρια και τις προϋποθέσεις που αναφέρονται στο άρθρο 12.
Το Τμήμα Έρευνας και Ανάπτυξης της Διεύθυνσης Στρατηγικού Σχεδιασμού του Υπουργείου Υγείας μεριμνά για την έκδοση της υπουργικής απόφασης αναγνώρισης του κάθε Κέντρου Εμπειρογνωμοσύνης, τηρεί ενημερωμένο μητρώο των αναγνωρισμένων Κέντρων και δημοσιεύει το σχετικό κατάλογο στην ιστοσελίδα του Υπουργείου.
Τα αναγνωρισμένα Κέντρα Εμπειρογνωμοσύνης υποχρεούνται σε επαναξιολόγησή τους από την Εθνική Επιτροπή για τα Σπάνια Νοσήματα – Παθήσεις (Ε.Ε.ΣΠ.Ν. - Π.),ανά πενταετία από την αρχική αναγνώρισή τους. Αν κάποιο Κέντρο δεν πληροί ένα ή περισσότερα από τα κριτήρια βάσει των οποίων αναγνωρίστηκε, η Επιτροπή του αποστέλλει προτάσεις διορθωτικών ενεργειών συμμόρφωσης. Αν το Κέντρο δεν συμμορφωθεί εντός εξαμήνου από την αποστολή των συστάσεων, παύει να ισχύει η αναγνώρισή του και εκδίδεται απόφαση του Υπουργού Υγείας.
2. Με απόφαση του Υπουργού Υγείας καθορίζονται η διαδικασία και το σύστημα αξιολόγησης των υποψήφιων Κέντρων για την αναγνώρισή τους και την επαναξιολόγησή τους, καθώς και τα στοιχεία του υποβαλόμενου φακέλου.
