Για τη διασφάλιση της εύρυθμης και αποτελεσματικής λειτουργίας του έργου των ελεγκτικών υπηρεσιών και προκειμένου να επιτευχθούν συνέργειες και να αποφευχθούν αλληλοεπικαλύψεις μεταξύ των υπηρεσιών αυτών, ανατίθεται στον Ειδικό Γραμματέα του Σ.ΕΠ.Ε. σε συνεργασία με τον Διευθυντή της Ε.ΥΠ.Ε.Α, ο σχεδιασμός, ο συντονισμός, ο προγραμματισμός και η παρακολούθηση των ελέγχων των υπηρεσιών του Σ.ΕΠ.Ε. και της Ε.ΥΠ.Ε.Α.