1. Μετά την ολοκλήρωση του τυπικού ελέγχου η αρμόδια αρχή προχωρά στον ουσιαστικό έλεγχο του αιτήματος, προκειμένου να εξεταστεί εάν το αίτημα είναι βάσιμο, ήτοι εάν υπάρχει επιβολή φορολογίας η οποία δεν είναι σύμφωνη με τις διατάξεις της οικείας ΣΑΔΦΕ. Στο στάδιο αυτό, η αρμόδια αρχή δύναται να ζητήσει τις απόψεις της αρμόδιας φορολογικής υπηρεσίας κατά περίπτωση.
2. Εφόσον υπάρχει διοικητική διαδικασία, όπως φορολογικός έλεγχος, η οποία δεν έχει ολοκληρωθεί, η αρμόδια αρχή ενημερώνει γραπτώς τον αιτούντα ότι το αίτημα για υπαγωγή σε ΔΑΔ δεν εξετάζεται μέχρι την ολοκλήρωση της διαδικασίας αυτής.
3. Σε περίπτωση που διαπιστωθεί ότι δεν έχει γίνει στην Ελλάδα φορολογικός έλεγχος ενδοομιλικών συναλλαγών της συνδεδεμένης επιχείρησης, ο Γενικός Διευθυντής Φορολογικής Διοίκησης της Α.Α.Δ.Ε. δίδει εντολή για έναρξη φορολογικού ελέγχου στην αρμόδια ελεγκτική φορολογική υπηρεσία με την επισήμανση να διενεργηθεί με προτεραιότητα λόγω εκκρεμούς αιτήματος ΔΑΔ.
4. Η Διεύθυνση Ελέγχων της Α.Α.Δ.Ε., στο πλαίσιο της εξέτασης αιτημάτων για υπαγωγή σε ΔΑΔ, δύναται να ζητά από τις ελεγκτικές υπηρεσίες της Α.Α.Δ.Ε., στις οποίες τηρείται ο φάκελος της υπόθεσης του ελέγχου, όλα τα απαραίτητα στοιχεία, συμπεριλαμβανομένου και του φυσικού φακέλου, εάν χρειαστεί, οι οποίες με τη σειρά τους δεσμεύονται να αποστείλουν τα στοιχεία σε εύλογο χρονικό διάστημα.
5. Η αρμόδια αρχή ερευνά τα πραγματικά και νομικά ζητήματα της υπόθεσης, λαμβάνοντας υπόψη τις διατάξεις της εσωτερικής νομοθεσίας και των ΣΑΔΦΕ, το αίτημα για έναρξη ΔΑΔ, τις πληροφορίες που έλαβε από τον αιτούντα, τις διαπιστώσεις του τυχόν διενεργηθέντος φορολογικού ελέγχου από την ελληνική φορολογική αρχή, τις απόψεις της αρμόδιας φορολογικής υπηρεσίας ή των ομάδων εργασίας του άρθρου 9 παρ. 6 της παρούσας, καθώς και κάθε άλλη πληροφορία που σχετίζεται με την υπόθεση.
6. Η ΔΑΔ διεξάγεται από τις αρμόδιες αρχές των συμβαλλομένων κρατών. Ο αιτών δεν εμπλέκεται άμεσα στις διαπραγματεύσεις που διεξάγονται στο πλαίσιο της ΔΑΔ και η συμμετοχή του περιορίζεται στην έγκαιρη και ακριβή παροχή προς τις αρμόδιες αρχές όλων των πληροφοριών που είναι απαραίτητες για την επίτευξη λύσης στην υπόθεσή του.
