1. Ο Υποδιοικητής είναι Ανώτερος Αξιωματικός εν ενεργεία, κατά προτίμηση κάτοχος μεταπτυχιακού τίτλου σπουδών ή πτυχίου ανωτάτης σχολής της τριτοβάθμιας εκπαίδευσης και έχει τις εξής αρμοδιότητες:
α. Είναι άμεσος βοηθός του Διοικητή στην εκτέλεση της αποστολής του και υπεύθυνος έναντι αυτού για την άρτια διοικητική και εκπαιδευτική λειτουργία της Σχολής. Είναι αναπληρωτής του Διοικητού κατά την απουσία του.
β. Έχει τις αρμοδιότητες που προβλέπονται από τον παρόντα Οργανισμό και τους σχετικούς νόμους, κανονισμούς, διαταγές και διατάξεις που διέπουν το ΠΝ.
γ. Κατευθύνει, επιβλέπει και συντονίζει την λειτουργία του επιτελείου της Σχολής.
2. Ο Υποδιοικητής συμμετέχει στο Εκπαιδευτικό Συμβούλιο της Σχολής όπως αυτό ορίζεται στο άρθρο 11 του παρόντος Οργανισμού.
3. Ο Υποδιοικητής έχει σε όλο το προσωπικό της Σχολής, τη δικαιοδοσία που προβλέπουν οι Διατάξεις Πολεμικού Ναυτικού, που κυρώθηκαν με το Π.Δ. 210/1993 (ΦΕΚ Α’ 89), για τον Ύπαρχο Πολεμικού Πλοίου, καθώς και αυτή που προβλέπεται από τον παρόντα Οργανισμό.
4. Τον Υποδιοικητή απόντα ή κωλυόμενο, αναπληρώνει ο αρχαιότερος Αξιωματικός του επιτελείου σε όλες τις αρμοδιότητες, πλην της συμμετοχής του στο Ε.Σ.
