1. Όργανα Διοίκησης της Σ.Μ.Υ.Α. είναι ο Διοικητής, καθώς και ο Υποδιοικητής της Σχολής, κατά την έννοια του πρώτου εδαφίου της παρ.2 του άρθρου 14. Για την εκπαιδευτική λειτουργία της Σχολής, ως όργανα Διοίκησης, θεωρούνται, εκτός από τα προαναφερθέντα, και τα παρακάτω:
α) Ο Διευθυντής Εκπαίδευσης Δοκίμων
β) Ο Διευθυντής Εκπαίδευσης Προσωπικού – Προστασίας Δυνάμεων
γ) Ο Διευθυντής Υποστήριξης
δ) Οι Διοικητές Μοιρών Δοκίμων
ε) Ο Διοικητής της Μοίρας Εξυπηρέτησης Δοκίμων
στ) Το Εκπαιδευτικό Συμβούλιο
ζ) Το Συμβούλιο Ικανότητας
η) Το Συμβούλιο Πτητικής Ικανότητας
2. Η πλήρης οργανωτική δομή της Σ.Μ.Υ.Α., απεικονίζεται στο Παράρτημα «Β» του άρθρου 85.