1. Μετά την ολοκλήρωση του τυπικού ελέγχου, η ΔΕΛ προχωρά στον ουσιαστικό έλεγχο του αιτήματος, προκειμένου να εξεταστεί εάν το αίτημα είναι βάσιμο, ήτοι εάν υπάρχει επιβολή διπλής φορολογίας, η οποία περιλαμβάνεται στο πεδίο εφαρμογής της Σύμβασης Διαιτησίας. Στο στάδιο αυτό, η ΔΕΛ δύναται να ζητήσει τις απόψεις της αρμόδιας φορολογικής υπηρεσίας, κατά περίπτωση.
2. Εφόσον υπάρχει διοικητική διαδικασία, όπως φορολογικός έλεγχος, η οποία δεν έχει ολοκληρωθεί, η ΔΕΛ ενημερώνει γραπτώς τον αιτούντα ότι το αίτημα για υπαγωγή σε ΔΑΔ δεν εξετάζεται μέχρι την ολοκλήρωση της διαδικασίας αυτής.
3. Σε περίπτωση που διαπιστωθεί ότι δεν έχει γίνει στην Ελλάδα φορολογικός έλεγχος ενδοομιλικών συναλλαγών της συνδεδεμένης επιχείρησης, ο Γενικός Διευθυντής Φορολογικής Διοίκησης της Α.Α.Δ.Ε. δίδει εντολή για έναρξη φορολογικού ελέγχου στην αρμόδια ελεγκτική φορολογική υπηρεσία, με την επισήμανση να διενεργηθεί με προτεραιότητα, λόγω εκκρεμούς αιτήματος υπαγωγής σε ΔΑΔ.
4. Η ΔΕΛ, στο πλαίσιο της εξέτασης αιτημάτων για υπαγωγή σε ΔΑΔ, δύναται να ζητά από τις ελεγκτικές υπηρεσίες της Α.Α.Δ.Ε., στις οποίες τηρείται ο φάκελος της υπόθεσης του ελέγχου, όλα τα απαραίτητα στοιχεία, συμπεριλαμβανομένου και του φυσικού φακέλου, εάν χρειαστεί, οι οποίες με τη σειρά τους δεσμεύονται να αποστείλουν, τα στοιχεία αυτά σε εύλογο χρονικό διάστημα.
5. Η ΔΕΛ ερευνά τα πραγματικά και νομικά ζητήματα της υπόθεσης, λαμβάνοντας υπόψη τις διατάξεις της εσωτερικής νομοθεσίας και της Σύμβασης Διαιτησίας, το αίτημα για έναρξη της ΔΑΔ, τις πληροφορίες που έλαβε από τον αιτούντα, τις διαπιστώσεις του τυχόν διενεργηθέντος φορολογικού ελέγχου από την ελληνική φορολογική αρχή, τις απόψεις της αρμόδιας φορολογικής υπηρεσίας ή των ομάδων εργασίας του άρθρου 9 παρ. 6 της παρούσας, καθώς και κάθε άλλη πληροφορία που σχετίζεται με την υπόθεση. Εάν η ΔΕΛ διατηρεί αμφιβολίες ως προς το βάσιμο του αιτήματος, ενημερώνει τον αιτούντα για τις αμφιβολίες της και τον καλεί να υποβάλει τις απόψεις του.
6. Η ΔΑΔ διεξάγεται από τις αρμόδιες αρχές των Συμβαλλόμενων Κρατών. Ο αιτών δεν εμπλέκεται άμεσα στις διαπραγματεύσεις που διεξάγονται στο πλαίσιο της ΔΑΔ και η συμμετοχή του περιορίζεται στην έγκαιρη και ακριβή παροχή προς τις αρμόδιες αρχές όλων των πληροφοριών που είναι απαραίτητες για την επίτευξη λύσης στην υπόθεση του. Η ΔΕΛ εφόσον η αίτηση έχει υποβληθεί σε αυτήν, φροντίζει να ενημερώνει την ενδιαφερόμενη επιχείρηση για όλες τις σημαντικές εξελίξεις που την αφορούν κατά τη διάρκεια της διαδικασίας. Στις περιπτώσεις που κρίνεται απαραίτητο, η αιτούσα επιχείρηση μπορεί να καλείται από την ΔΕΛ να παρουσιάσει τις απόψεις της.
