Οι υπηρεσιακές μονάδες του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων διαρθρώνονται ως ακολούθως:
1. Γραφείο Υπουργού
2. Γραφείο Αναπληρωτή Υπουργού
3. Γραφείο Υφυπουργού
4. Γραφείο Γενικού Γραμματέα Υπουργείου
5. Γραφείο Γενικού Γραμματέα Αντεγκληματικής Πολιτικής
6. Γραφείο Γενικού Γραμματέα Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων
7. Γραφείο Γενικού Γραμματέα για την Καταπολέμηση της Διαφθοράς
8. Γραφείο Ειδικού Γραμματέα Σώματος Επιθεωρητών Ελεγκτών Δημόσιας Διοίκησης
9. Γραφείο Διοικητικού Γραμματέα
10. Γραφείο Αναπληρωτή Διοικητικού Γραμματέα
11. Κεντρική Υπηρεσία του Υπουργείου
Στην Κεντρική Υπηρεσία του Υπουργείου Δικαιοσύνης Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, προΐσταται Διοικητικός Γραμματέας, που υπάγεται στον Υπουργό και Αναπληρωτής Διοικητικός Γραμματέας, που υπάγεται στον Αναπληρωτή Υπουργό.
11.α) Γενική Διεύθυνση Διοίκησης Δικαιοσύνης, Διεθνών Νομικών Σχέσεων και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων:
αα) Διεύθυνση Στρατηγικού Σχεδιασμού, Οργάνωσης και Λειτουργίας Δικαιοσύνης,
ββ) Διεύθυνση Νομοθετικού ’Εργου, Διεθνών Νομικών Σχέσεων και Διεθνούς Δικαστικής Συνεργασίας.
11.β) Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών, Διοικητικής Υποστήριξης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης:
αα) Διεύθυνση Οικονομικής Διαχείρισης.
ββ) Διεύθυνση Προμηθειών και Διαχείρισης Υλικού.
γγ) Διεύθυνση Ανθρώπινου Δυναμικού και Διοικητικής Υποστήριξης.
δδ) Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης.
εε) Αυτοτελές Τμήμα Παλλαϊκής Άμυνας - Πολιτικής Σχεδιάσεως Έκτακτης Ανάγκης (ΠΑΜ - ΠΣΕΑ).
11.γ) Γενική Διεύθυνση Αντεγκληματικής και Σωφρονιστικής Πολιτικής:
αα) Διεύθυνση Αντεγκληματικής Πολιτικής,
ββ) Διεύθυνση Οργάνωσης και Λειτουργίας Καταστημάτων Κράτησης.
12. Στην Κεντρική Υπηρεσία του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων λειτουργούν και οι ακόλουθες υπηρεσίες, που υπάγονται απευθείας στον Υπουργό:
α) Γραφείο Νομοθετικής Πρωτοβουλίας,
β) Διεύθυνση Τεχνικών Υπηρεσιών,
γ) Αυτοτελές Τμήμα Κοινοβουλευτικού Ελέγχου,
δ) Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου, ως η ανεξάρτητη ελεγκτική-συμβουλευτική υπηρεσία, η οποία παρέχει διαβεβαίωση για την επάρκεια των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου του Υπουργείου. Η εν λόγω Μονάδα λειτουργεί σε επίπεδο Αυτοτελούς Τμήματος.
ε) Ειδική Υπηρεσία «Επιτελική Δομή ΕΣΠΑ Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων».
13. Στην Κεντρική Υπηρεσία του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων λειτουργούν και οι ακόλουθες υπηρεσίες, σύμφωνα με τις διατάξεις που εκάστοτε τις διέπουν:
α) Γραφείο Νομικού Συμβούλου,
β) Γραφείο Επιτρόπου Ελεγκτικού Συνεδρίου,
γ) Γραφείο Τύπου και Δημοσίων Σχέσεων,δ) Ελληνική Αρχή Συνδρομής (οι αρμοδιότητες ασκούνται από το Τμήμα Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων),
ε) Ελληνική Αρχή Αποζημίωσης
14. Γενική Γραμματεία Αντεγκληματικής Πολιτικής
Στη Γενική Γραμματεία Αντεγκληματικής Πολιτικής, προβλέπεται μία (1) θέση Τομεακού Γραμματέα, που υπάγεται στον Υπουργό.
α) Σώμα Επιθεώρησης και Ελέγχου των Καταστημάτων Κράτησης, υπαγόμενο στον Γενικό Γραμματέα Αντεγκληματικής Πολιτικής.
β) Διεύθυνση Επιχειρησιακής Επάρκειας και Διαχείρισης Κρίσεων
15. Γενική Γραμματεία Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων
Στη Γενική Γραμματεία Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, προβλέπεται μία (1) θέση Τομεακού Γραμματέα, που υπάγεται στον Υπουργό.
16. Γενική Γραμματεία για την Καταπολέμηση της Διαφθοράς
Στη Γενική Γραμματεία για την Καταπολέμηση της Διαφθοράς προβλέπεται μία (1) θέση Τομεακού Γραμματέα, που υπάγεται στον Υπουργό.
α) Σώμα Επιθεωρητών-Ελεγκτών Δημόσιας Διοίκησης,
β) Σώμα Επιθεωρητών Δημοσίων Έργων
17. Ειδικές Περιφερειακές Υπηρεσίες:
17.1. Ιατροδικαστική Υπηρεσία του Κράτους
α) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Αθηνών
β) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Θεσσαλονίκης
γ) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Πειραιά
δ) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Πατρών
ε) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Κρήτης
στ) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Λαρίσης
ζ) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Ναυπλίου
η) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Θράκης
θ) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Δυτικής Μακεδονίας
ι) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Δωδεκανήσου
ια) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Κέρκυρας
ιβ) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Ιωαννίνων
ιγ) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Αιγαίου
ιδ) Ιατροδικαστική Υπηρεσία Λαμίας.
17.2. Καταστήματα Κράτησης:
α) Καταστήματα Κράτησης τύπου Α:
αα) Κορυδαλλού (συμπεριλαμβανομένου και Παραρτήματος Γυναικών),
ββ) Θεσσαλονίκης,
γγ) Λάρισας,
δδ) Ιωαννίνων,
εε) Άμφισσας,
στστ) Ναυπλίου,
ζζ) Κρήτης Ι,
ηη) Κομοτηνής
θθ) Κορίνθου
ιι) Κω,
ιαια) Νεάπολης και
ιβιβ) Χίου.
β) Καταστήματα Κράτησης τύπου Β:
αα) Αλικαρνασσού,
ββ) Τρίπολης,
γγ) Γρεβενών,
δδ) Γυναικών Ελεώνα Θήβας,
εε) Κέρκυρας,
στστ) Μαλανδρίνου,
ζζ) Κεντρικής Μακεδονίας III,
ηη) Πάτρας,
θθ) Τρικάλων,
ιι) Χαλκίδας και
ιαια) Δομοκού.
γ) Αγροτικά Καταστήματα Κράτησης:
αα) Αγιάς,
ββ) Κασσάνδρας και
γγ) Τίρυνθας.
δ) Καταστήματα Κράτησης Νέων:
αα) Ειδικό Κατάστημα Κράτησης Νέων Αυλώνα,
ββ) Ειδικό Κατάστημα Κράτησης Νέων Βόλου
γγ) Ειδικό Αγροτικό Κατάστημα Κράτησης Νέων Κασσαβέτειας.
ε) Θεραπευτικά Καταστήματα:
αα) Κέντρο Απεξάρτησης Τοξικομανών Κρατουμένων Ελαιώνα Θηβών,
ββ) Νοσοκομείο Κρατουμένων Κορυδαλλού,
γγ) Ψυχιατρείο Κρατουμένων Κορυδαλλού.
στ) Κατάστημα Κεντρικής Αποθήκης Υλικού Φυλακών (ΚΑΥΦ).
17.3. Ίδρυμα Αγωγής Ανηλίκων Αρρένων Ν. Ιωνίας Βόλου.
17.4. Υπηρεσίες Επιμελητών Ανηλίκων και Κοινωνικής Αρωγής.
