Αρμοδιότητες Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου:1. Η παροχή ελεγκτικών - συμβουλευτικών αρμοδιοτήτων, όπως:
α) Ο έλεγχος επάρκειας του συστήματος εσωτερικού ελέγχου (internal control) του Υπουργείου και η εισήγηση των σχετικών βελτιωτικών προτάσεων.
β) Ο έλεγχος εφαρμογής των κανόνων δικαίου, ο έλεγχος της νομιμότητας και κανονικότητας των δαπανών (INTOSAI 3.4, INTOSAI 1.0.39 Ευρωπαϊκή κατευθυντήρια γραμμή εφαρμογής αριθ. 52), όπως και του εσωτερικού κανονιστικού πλαισίου λειτουργίας του Υπουργείου.
γ) Η αξιολόγηση της οικονομίας, της αποδοτικότητας και της αποτελεσματικότητας των δραστηριοτήτων του Υπουργείου (δηλαδή η αξιολόγηση της λειτουργίας του βάσει της αρχής της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης).
δ) Η αξιολόγηση του προγραμματισμού του σχεδιασμού και της εκτέλεσης των λειτουργιών του Υπουργείου.
ε) Ο έλεγχος της ορθής διενέργειας των δαπανών, της ορθής είσπραξης και εμφάνισης των εσόδων, της διαχείρισης κινδύνων, όπως και της διαχείρισης της περιουσίας του φορέα με την εξακρίβωση του ενεργητικού και παθητικού και του μισθολογικού κόστους, για τον εντοπισμό τυχόν φαινομένων κακοδιοίκησης και κακοδιαχείρισης, κατάχρησης, σπατάλης, απάτης ή διαφθοράς και την αποτροπή τους στο μέλλον.
στ) Ο έλεγχος πληροφοριακών συστημάτων, προκειμένου να διαπιστωθεί κατά πόσον επιτυγχάνουν τους σκοπούς τους και εάν έχουν ενσωματωθεί σε αυτά επαρκείς ασφαλιστικές δικλίδες/ μηχανισμοί ελέγχου.
ζ) Η διαβεβαίωση περί της ακρίβειας, της αξιοπιστίας και της έγκαιρης προετοιμασίας των χρηματοοικονομικών (και λοιπών) αναφορών.
2. Η παροχή διαβεβαίωσης περί της επάρκειας των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου του Υπουργείου.
3. Η διενέργεια τακτικού ελέγχου των παγίων προκαταβολών του Υπουργείου.
4. Η διενέργεια οικονομικού και διαχειριστικού ελέγχου των δημοσίων υπολόγων και δημοσίων διαχειρίσεων που υπάγονται στο Υπουργείο.
5. Η διενέργεια ένορκης διοικητικής εξέτασης σε περίπτωση απώλειας δικαιολογητικών πληρωμής δημόσιας δαπάνης πριν την έκδοση τίτλου πληρωμής.
6. Η έρευνα της ύπαρξης αντικειμενικής αδυναμίας απόδοσης λογαριασμού χρηματικού εντάλματος προπληρωμής.
7. Η επιβολή δημοσιονομικών διορθώσεων.
