1. Ο Οργανισμός του Ινστιτούτου εγκρίνεται από την Εποπτική Επιτροπή μετά από σχετική εισήγηση της Διαχειριστικής Επιτροπής. Ο Οργανισμός κυρώνεται και τίθεται σε ισχύ με προεδρικό διάταγμα που εκδίδεται με πρόταση των Υπουργών Εξωτερικών και Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων. Η ίδια διαδικασία ακολουθείται και για την τροποποίηση του Οργανισμού.
2. Με τον Οργανισμό ρυθμίζονται τα θέματα που αφορούν στην εσωτερική οργάνωση και τη λειτουργία του Ινστιτούτου και ιδίως:
α) η εκπλήρωση των σκοπών του Ινστιτούτου,
β) η διάρθρωση των υπηρεσιών του Ινστιτούτου,
γ) οι επιμέρους αρμοδιότητες της Εποπτικής Επιτροπής, των οργάνων διοίκησης και του προσωπικού,
δ) η πρόσληψη εξωτερικών συνεργατών με σύμβαση έργου,
ε) τα προσόντα, τα δικαιώματα, τα καθήκοντα και ο πειθαρχικός έλεγχος του προσωπικού, καθώς και
στ) ο προϋπολογισμός, ο απολογισμός και η εν γένει διαχείριση των οικονομικών του Ινστιτούτου.
3. Για την υποστήριξη στο σχεδιασμό του επιστημονικού και ερευνητικού έργου του Ινστιτούτου, καθώς και στη διαδικασία επιλογής των υποτρόφων και φιλοξενουμένων, στον Οργανισμό προβλέπεται η συγκρότηση άμισθου επιστημονικού συμβουλίου, ορίζεται η σύνθεση αυτού, καθώς και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια για τη λειτουργία του.
