Στρατηγικοί σκοποί της Γενικής Διεύθυνσης Διοικητικής-Οικονομικής Υποστήριξης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης είναι οι εξής:
α) η διασφάλιση της αποτελεσματικής και αποδοτικής λειτουργίας όλων των υποδομών και των οργανικών μονάδων του Οργανισμού και η ενίσχυσή τους με τους αναγκαίους ανθρώπινους και υλικούς πόρους, με τον πιο αποδοτικό τρόπο, προς όφελος των εξυπηρετουμένων από τον Οργανισμό,
β) η αποτελεσματική διαχείριση και ο συντονισμός των ενεργειών για όλα τα θέματα που αφορούν το ανθρώπινο δυναμικό του Οργανισμού, την αξιοποίησή του, και την επαγγελματική του ανάπτυξη,
γ) ο διαρκής εκσυγχρονισμός, η προσαρμογή και ανάπτυξη των υποδομών ηλεκτρονικής διακυβέρνησης, με γνώμονα την αρχή της διαλειτουργικότητας,
δ) η ορθή και χρηστή οικονομική διαχείριση,
ε) η ανάπτυξη συστήματος παροχής ποιοτικών υπηρεσιών ενημέρωσης, πληροφόρησης και συμβουλευτικής υποστήριξης των εξυπηρετουμένων,
στ) η ανάπτυξη των πολιτικών για θέματα ιατρικού ελέγχου παροχών, υγείας του προσωπικού, ασφάλειας και υγιεινής των χώρων εργασίας και υποστήριξης ατόμων ευπαθών ομάδων αρμοδιότητας του Οργανισμού,
ζ) η παρακολούθηση, μελέτη, ανάλυση και αξιοποίηση της σχετικής με τα ζητήματα αρμοδιότητάς της εμπειρίας και γνώσης, τόσο σε εθνικό όσο και σε διεθνές επίπεδο και υποβολή προτάσεων προς τη Διοίκηση του Οργανισμού για ανάληψη πρωτοβουλιών διαμόρφωσης εναλλακτικών πολιτικών, με γνώμονα τις αρχές της αποτελεσματικότητας και ανταποδοτικότητας.