Σκοποί του Ιερού Προσκυνήματος είναι όσοι ορίζονται κατωτέρω, όπως και πας έτερος, ο οποίος κρίνεται υπό της Διοικήσεως αυτού ότι δύναται να συντέλεση προς εκπλήρωσιν της αποστολής του, εν συνεργασία μετά της Ιεράς Μητροπόλεως Κυθήρων.
1. Η διαφύλαξις της Σεπτής και περιπύστου θαυματουργού Εικόνος της Παναγίας της Μυρτιδιωτίσσης, ευρεθείσης θαυμαστώς υπό ευσεβούς ποιμένος της περιοχής κατ’ άδηλον χρονολογίαν, προσδιοριζόμενην από του 13ου -15ου αιώνος.
2. Η φύλαξις των Ιερών Κειμηλίων του Κειμηλιαρχείου - Εκκλησιαστικού Μουσείου του Ιερού Προσκυνήματος, ως και πασών των Ιερών εικόνων αρχαιολογικής αξίας και σημασίας του παλαιού και του νεωτέρου καθολικού του Ιερού Προσκυνήματος, μετά των λοιπών εν τοις Ιεροίς αυτοίς Ναοίς και αλλαχού εν τω Μοναστηριακώ συγκροτήματι φυλασσομένων ιερών κειμηλίων.
3. Η συμφώνως προς τας θρησκευτικάς, εθνικάς και κοινωνικάς παραδόσεις της Ορθοδοξίας και της Κυθηραϊκής Νήσου συντήρησις των ανωτέρω Ιερών Ναών, ως και η συμπλήρωσις της αγιογραφήσεως και της διακοσμήσεως, καθώς και η αποκατάστασις - συντήρησις των υφισταμένων αγιογραφιών.
4. Η διατήρησις της ιερότητος και του προσκυνηματικού και θρησκευτικού χαρακτήρος του Ιερού Προσκυνήματος, ως και της από εκατονταετιών διαφυλαχθείσης παραδόσεως μη τελέσεως του μυστηρίου του γάμου εν αυτώ (παρά τον σημειωθέντα μέχρι προ 5ετιας, κατά τας τελευταίας δεκαετίας, εκτροχιασμόν εξ αυτής).
5. Η συντήρησις των κτισμάτων των εντός του μοναστηριακού περιβόλου και των εκτός αυτού ανεγερθέντων προς εξυπηρέτησιν των προσκυνητών, ως και των εν γένει βοηθητικών χώρων, η βελτίωσις, η επέκτασις και επισκευή τούτων, επί πλέον δε και η δημιουργία πάσης αναγκαίας κινητής και ακινήτου υποδομής προς εξυπηρέτησιν των αναγκών του Ιερού Προσκυνήματος.
6. Η εκτέλεσις κοινωφελών έργων εις την γενικωτέραν περιοχήν του Ιερού Προσκυνήματος, ως οδοποιίας, ηλεκτροφωτισμού, υδρεύσεως, εξυγιάνσεως, εξωραϊσμού κ.λπ., ως και η εκτέλεσις έργων, τα οποία είναι απαραίτητα διά την διαρρύθμισιν και βελτίωσιν των χώρων, οι οποίοι περιβάλλουν τους Ιερούς Ναούς και τα προσκτίσματά των.
7. Η ανάπτυξις των θρησκευτικών, αλλά και εθνικών δεσμών μεταξύ όλων των καταγόμενων εκ Κυθήρων Ορθοδόξων Ελλήνων, οι οποίοι κατοικούν εις την Ελλάδα ή εις το εξωτερικόν, και η μεταξύ των καλλιέργεια του πνεύματος των παραδόσεων και του πολιτισμού του Ελληνισμού και η δημιουργική προβολή των. Επίσης η ηθική, υλική και οικονομική συμπαράστασις με πνεύμα χριστιανικής αγάπης εις όσους έχουν ανάγκην, καθώς και η χορήγησις υποτροφιών και οικονομικών ενισχύσεων εις σπουδαστάς, ή εις όσους προσφέρουν εθελοντικάς υπηρεσίας προς το ανωτέρω Ι. Προσκύνημα και εις το προσωπικόν αυτού.
8. Η διατήρησις και η επέκτασις του Εκκλησιαστικού Μουσείου με την συγκέντρωσιν παλαιών εικόνων, ιερών σκευών, ιερατικών αμφίων και άλλων αρχαιολογικής και λαογραφικής αξίας αντικειμένων. Ο εμπλουτισμός της Βιβλιοθήκης, η οποία εξυπηρετεί τους σκοπούς του Ιερού Προσκυνήματος. Η καλλιέργεια και προβολή της βυζαντινής μουσικής, η προκήρυξις βραβείων προς συγγραφήν μελετών, η έκδοσις εργασιών με θέματα, περί των οποίων θα αποφασίζη η διοίκησις του Ιερού Προσκυνήματος.
