Χωρίς να απαιτείται η υλική υποδομή του ΣΔΙΔΕ να είναι φυσικά διαχωρισμένη από τα υπόλοιπα συστήματα του παρόχου, και με την επιφύλαξη του άρθρου 6 της παρούσας πράξης, ο πάροχος εφαρμόζει σε σχέση με όλες τις λειτουργίες του ΣΔΙΔΕ λογικό διαχωρισμό επί των δεδομένων του άρθρου 5 του ν. 3917/2011 ώστε να διασφαλίζεται ότι αυτά χρησιμοποιούνται μόνον για το σκοπό του νόμου αυτού. Λογικός διαχωρισμός υπάρχει όταν το λογισμικό, όλων των επιπέδων, που χρησιμοποιείται για πρόσβαση στα δεδομένα του ΣΔΙΔΕ είναι διακριτό και λογικά απομονωμένο από το λογισμικό που χρησιμοποιείται για πρόσβαση σε δεδομένα που τηρούνται για άλλους σκοπούς.