Οι φορείς του ως άνω Μητρώου διαγράφονται/απεντάσσονται όταν:
1. παύουν να πληρούν τις προϋποθέσεις του άρθρου 2 της παρούσας απόφασης,
2. εμπλέκονται σε παράνομες πράξεις, γεγονός που είτε έχει αποδειχθεί: α) από τελεσίδικη δικαστική απόφαση είτε β) έχει καταδειχθεί με έγγραφο αρμόδιας δημόσιας αρχής,
3. διαπιστωθεί πλημμελής εκτέλεση του έργου που έχουν αναλάβει, το οποίο αποδεικνύεται από σχετικό έγγραφο της κατά περίπτωση αρμόδιας διοικητικής αρχής.
Στις περιπτώσεις (2β) και (3), απαιτείται προηγουμένη ακρόαση του εκπροσώπου της θιγόμενης ΜΚΟ από αρμόδια Επιτροπή Ακροάσεων.
Η αρμόδια Επιτροπή συγκροτείται από: α) τον Προϊστάμενο Δ/νσης Εσωτερικού Ελέγχου της Γενικής Γραμματείας του Υπουργείου Μεταναστευτικής Πολιτικής, β) έναν εκπρόσωπο της Υπηρεσίας Ασύλου και γ) έναν εκπρόσωπο της Υπηρεσίας Υποδοχής και Ταυτοποίησης.
Ως εισηγητής στην αρμόδια Επιτροπή, ορίζεται ο Προϊστάμενος του αρμόδιου για την τήρηση του Μητρώου τμήματος.
Κάθε απόφαση της αρμόδιας Επιτροπής, δεσμεύει το αρμόδιο για την τήρηση του Μητρώου Τμήμα, ως προς τη διαγραφή/απένταξη.