Με προεδρικό διάταγμα που εκδίδεται ύστερα από πρόταση του Υπουργού Διοικητικής Ανασυγκρότησης, καθορίζονται οι ειδικότερες λεπτομέρειες για την οργάνωση και λειτουργία της Ειδικής Γραμματείας, ενδεικτικά ο ανακαθορισμός των αρμοδιοτήτων των υπηρεσιών αυτής, η σύσταση ή κατάργηση μονάδων και οργανικών θέσεων προσωπικού, καθώς και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια.