Η Γενική Διεύθυνση Ανάπτυξης και Παραγωγικής Λειτουργίας Πληροφοριακών Συστημάτων Οικονομικού Τομέα διαρθρώνεται σε δύο Διευθύνσεις, ως εξής: (α) Διεύθυνση Υποστήριξης Λειτουργίας Πληροφοριακών Συστημάτων Δημοσιονομικού Τομέα, (β) Διεύθυνση Λειτουργίας Πληροφοριακών Συστημάτων Οικονομικών Λειτουργιών.