1. Η Αρχή δύναται να λειτουργεί και ως μονοπρόσωπο όργανο (Πρόεδρος) ή και να συνεδριάζει σε τμήματα, συντιθέμενα από τρία (3) τουλάχιστον τακτικά ή αναπληρωματικά μέλη και προεδρευόμενα από τον Πρόεδρο της Αρχής ή τον αναπληρωτή του. Στις συνεδριάσεις και στις διασκέψεις της Ολομέλειας και των Τμημάτων επιτρέπεται να παρίστανται για τις υποθέσεις, στις οποίες έχουν οριστεί βοηθοί εισηγητές, υπάλληλοι του Κλάδου Ελεγκτών.
2. Η Αρχή καταρτίζει κανονισμό λειτουργίας με τον οποίο ρυθμίζεται ιδίως η λειτουργία της σε ολομέλεια και τμήματα, η κατανομή των αρμοδιοτήτων μεταξύ ολομέλειας και τμημάτων, οι αρμοδιότητες του μονοπρόσωπου οργάνου, και η διαδικασία ανάθεσης από τον Πρόεδρο στον Αναπληρωτή Πρόεδρο και σε μέλη, τακτικά και αναπληρωματικά, των αρμοδιοτήτων αυτών, η διαδικασία σύγκλησης, συνεδρίασης και λήψης απόφασης, η προηγούμενη ακρόαση των ενδιαφερομένων, η διαδικασία επεξεργασίας και διεκπεραίωσης των υποθέσεων, ο τρόπος διεξαγωγής των ελέγχων και θέματα πειθαρχικής διαδικασίας. Ο κανονισμός λειτουργίας δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Μέχρι την έκδοση νέου κανονισμού της Αρχής διατηρείται σε ισχύ ο υφιστάμενος κανονισμός λειτουργίας της (209/6.3.2000 (Β΄ 336) απόφαση του Προέδρου της Αρχής, όπως τροποποιήθηκε και ισχύει).
3. Με απόφαση της Ολομέλειας της Αρχής εγκρίνεται κώδικας δεοντολογίας των μελών και του προσωπικού της.
4. Η Αρχή δύναται να συνάπτει μνημόνια συνεργασίας με ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα, άλλους δημόσιους φορείς και Ο.Τ.Α. με σκοπό την αμοιβαία ανταλλαγή πληροφοριών και την αμοιβαία συνδρομή για θέματα αρμοδιότητάς της. Η αμοιβαία συνδρομή περιλαμβάνει ιδίως την ενημέρωση και την πραγματοποίηση ερευνών και μελετών, τη συνδρομή σε έρευνες και ελέγχους, και τη διενέργεια αυτοψιών με βάση ερωτήματα που καταρτίζει η Αρχή.
5. Είναι δυνατή η πραγματοποίηση στην Αρχή αμειβόμενης πρακτικής άσκησης φοιτητών και αποφοίτων ανώτατων σχολών, των οποίων το περιεχόμενο σπουδών είναι σχετικό με τις αρμοδιότητες της Αρχής. Με απόφαση της Αρχής καθορίζονται οι όροι και οι προϋποθέσεις επιλογής των ασκουμένων, πραγματοποίησης της άσκησης και ορίζονται οι όροι και το ύψος της αμοιβής, η οποία βαρύνει τον προϋπολογισμό της Αρχής.
