Το Συμβούλιο Διοίκησης έχει τις εξής αρμοδιότητες:1. Εγκρίνει τον στρατηγικό και επιχειρησιακό σχεδιασμό της Αρχής, το ετήσιο και το πολυετές πλάνο ελεγκτικής δράσης της Αρχής, το σχέδιο προϋπολογισμού της Αρχής, πριν την υποβολή του στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους, και την ετήσια έκθεση απολογισμού των δραστηριοτήτων της Αρχής.
2. Κατατάσσει τους δύο (2) επικρατέστερους υποψηφίους για τη θέση του Διοικητή και υποβάλλει σχετική πρόταση στον Πρωθυπουργό.
3. Επιλέγει και διορίζει τα μέλη της Επιτροπής Ελέγχου (Audit Committee) της Αρχής.
4. Παρέχει τη γνώμη του: α) για τον σχεδιασμό της πολιτικής προσωπικού της Αρχής και παρακολουθεί την εφαρμογή αυτής, β) για την ανάπτυξη και την εφαρμογή μεθοδολογιών και ειδικότερων συστημάτων ποιοτικής και ποσοτικής αξιολόγησης, προαγωγών, βαθμολογικής και υπηρεσιακής εξέλιξης του προσωπικού της Αρχής, γ) για την ανάπτυξη και την εφαρμογή μεθοδολογιών και ειδικότερου συστήματος μισθολογικού καθεστώτος και επιπλέον ανταμοιβής (bonus) του προσωπικού της Αρχής, δ) για τον καθορισμό των ειδικότερων προσόντων διορισμού σε κλάδους και σε ειδικότητες και των κριτηρίων πρόσληψης προσωπικού στην Αρχή, ε) για τη σύσταση, τη μετατροπή και την κατάργηση οργανικών θέσεων προσωπικού όλων των κλάδων, ειδικοτήτων και κατηγοριών, στ) για την κατανομή των οργανικών θέσεων μεταξύ των οργανικών μονάδων όλων των επιπέδων της Αρχής, ζ) για την ένταξη έργων στο Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων. και στο Ενιαίο Πρόγραμμα Προμηθειών, η) για τη σκοπιμότητα και τη βιωσιμότητα της χρηματοδότησης δράσεων της Αρχής από τα διαρθρωτικά ταμεία της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, την Υπηρεσία Διαρθρωτικών Μεταρρυθμίσεων της Ε.Ε., τον Ευρωπαϊκό Οικονομικό Χώρο (ΕΟΧ), και οποιαδήποτε άλλη πηγή χρηματοδότησης εκτός του κρατικού προϋπολογισμού, θ) για την υπογραφή συμφωνιών συνεργασίας με διεθνείς οργανισμούς.
5. Παρέχει τη σύμφωνη γνώμη του: α) για την κατάρτιση του Οργανισμού της Αρχής, καθώς και για την τροποποίηση αυτού, σε περιπτώσεις σημαντικών οργανωτικών αλλαγών, όπως είναι η σύσταση, η συγχώνευση, η μετατροπή ιεραρχικού επιπέδου οργανικής μονάδας, η κατάργηση και η αναστολή λειτουργίας υπηρεσιών επιπέδου Γενικών Διευθύνσεων ή Διευθύνσεων ή Τμημάτων της Κεντρικής Υπηρεσίας, καθώς και των Περιφερειακών Υπηρεσιών της Αρχής, β) για τον καθορισμό των κλάδων από τους οποίους προέρχονται οι Προϊστάμενοι των προαναφερθεισών οργανικών μονάδων, γ) για τον Κανονισμό Λειτουργίας και τους επιμέρους Κανονισμούς της Αρχής.
6. Στις περιπτώσεις που ζητείται η γνώμη του Συμβουλίου Διοίκησης τεκμαίρεται ότι, αυτή είναι θετική μετά την παρέλευση αποκλειστικής προθεσμίας τριάντα (30) ημερών από την υποβολή του σχετικού ερωτήματος προς αυτό.
7. Το Συμβούλιο Διοίκησης δεν δύναται να ζητά και να έχει πρόσβαση σε φακέλους και πληροφορίες που αφορούν σε συγκεκριμένες υποθέσεις απάτης και διαφθοράς και να παρεμβαίνει καθ’ οιονδήποτε τρόπο στη διερεύνηση αυτών των περιπτώσεων.
8. Τα ειδικότερα θέματα που σχετίζονται με τις συνεδριάσεις του Συμβουλίου Διοίκησης, το πλαίσιο λειτουργίας και λήψης αποφάσεων ορίζονται στον Κανονισμό Λειτουργίας της Αρχής.
