1. Όργανα διοίκησης του ΕΟΔΥ είναι:
α) Το Διοικητικό Συμβούλιο (ΔΣ).
β) Ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου και οι δύο (2) Αντιπρόεδροι.
2. Ο Πρόεδρος του ΔΣ πρέπει να είναι κάτοχος πτυχίου ΑΕΙ της ημεδαπής ή ισότιμου πτυχίου από ακαδημαϊκό ίδρυμα της αλλοδαπής, ορίζεται δε με απόφαση του Υπουργού Υγείας και είναι πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης. Οι Αντιπρόεδροι του ΔΣ, εκ των οποίων ο ένας είναι αρμόδιος για τα μεταδοτικά νοσήματα και ο άλλος για τα μη μεταδοτικά, πρέπει να είναι κάτοχοι πτυχίου Τμημάτων Επιστημών Υγείας της ημεδαπής ή αναγνωρισμένου της αλλοδαπής, μεταπτυχιακού τίτλου και να διαθέτουν εμπειρία στον τομέα της δημόσιας υγείας. Οι Αντιπρόεδροι ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Υγείας και μπορεί να είναι πλήρους ή μερικής απασχόλησης. Ο Υπουργός Υγείας ορίζει τον Αντιπρόεδρο, που θα αναπληρώνει τον Πρόεδρο, όταν αυτός απουσιάζει.
3. Το Διοικητικό Συμβούλιο είναι επταμελές. Τα έξι (6) μέλη του διορίζονται με απόφαση του Υπουργού Υγείας και το έβδομο μέλος προτείνεται από τον Σύλλογο των εργαζομένων. Με την απόφαση διορισμού του ΔΣ, ορίζεται και το καθεστώς πλήρους ή μερικής απασχόλησης των Αντιπροέδρων του ΔΣ, καθώς και ένα (1) αναπληρωματικό μέλος για κάθε τακτικό μέλος του ΔΣ. Η θητεία του Προέδρου, των Αντιπροέδρων και των μελών του ΔΣ είναι τριετής με δυνατότητα ανανέωσης για μια ακόμη θητεία.
4. Το ΔΣ βρίσκεται σε απαρτία όταν παρίστανται τουλάχιστον τέσσερα (4) από τα μέλη του. Μεταξύ των παρόντων πρέπει υποχρεωτικά να είναι και ο Πρόεδρος ή, σε περίπτωση κωλύματος ή απουσίας του, ο Αντιπρόεδρος, που τον αντικαθιστά. Ο διορισμός νέου μέλους, κατά τη διάρκεια της θητείας του ΔΣ, λόγω κένωσης θέσης από οποιαδήποτε αιτία, γίνεται για τον χρόνο μέχρι τη λήξη της θητείας των λοιπών μελών. Αν κενωθούν θέσεις μελών και μέχρι να διοριστούν νέα μέλη, το ΔΣ εξακολουθεί να λειτουργεί νόμιμα για έξι (6) μήνες, εφόσον παραμένουν τέσσερα (4) τουλάχιστον από τα ορισθέντα μέλη του, συμπεριλαμβανομένων σε αυτά του Προέδρου ή του Αντιπροέδρου που τον αντικαθιστά.
