1. Με απόφαση του Υπουργού Υγείας καθορίζονται τα Κέντρα Αναφοράς για συγκεκριμένα νοσήματα ή καταστάσεις που άπτονται της δημόσιας υγείας, η γεωγραφική κατανομή τους ανά την επικράτεια, ο τρόπος χρηματοδότησής τους, οι προδιαγραφές και τα επιστημονικά κριτήρια, καθώς και κάθε άλλο θέμα σχετικό με τη λειτουργία τους. Με όμοια απόφαση μπορεί να αναγνωρίζονται εργαστήρια, τμήματα των ΑΕΙ, και μονάδες νοσοκομείων ή άλλων επιστημονικών ή ερευνητικών φορέων του ευρύτερου δημόσιου τομέα ως Κέντρα Αναφοράς για συγκεκριμένα νοσήματα, καθώς, επίσης να τους ανατίθενται αντίστοιχα ερευνητικά προγράμματα ή μελέτες ή και η παροχή εξειδικευμένων σχετικών υπηρεσιών προς τον ΕΟΔΥ.
2. Η αναγνώριση, σύμφωνα με την παράγραφο 1 Κέντρων Αναφοράς, λαμβάνει χώρα μετά από δημόσια πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος του Υπουργού Υγείας, η οποία αναρτάται στο διαδίκτυο, βάσει επιστημονικών κριτηρίων που ορίζονται στην πρόσκληση αυτή, στα οποία περιλαμβάνονται η εμπειρία στο συγκεκριμένο αντικείμενο, πιστοποιήσεις, η στελέχωση με προσωπικό και το επιστημονικό έργο.
3. Έως την έκδοση των αποφάσεων της παραγράφου 1, τα εργαστήρια, τα τμήματα των ΑΕΙ και οι μονάδες νοσοκομείων ή άλλων φορέων του ευρύτερου δημόσιου τομέα, που έχουν νόμιμα αναγνωριστεί ως Κέντρα Αναφοράς για συγκεκριμένα νοσήματα και τους έχουν ανατεθεί αντίστοιχα ερευνητικά προγράμματα ή μελέτες ή και η παροχή εξειδικευμένων σχετικών υπηρεσιών, σύμφωνα με το άρθρο 20 του ν. 3370/2005 (Α΄ 176) και τις κείμενες διατάξεις, εξακολουθούν να ασκούν τις αρμοδιότητές τους.
4. Οι επιμέρους όροι και οι προϋποθέσεις της συνεργασίας του ΕΟΔΥ με τα Κέντρα Αναφοράς, όπως η εξειδίκευση των ερευνητικών προγραμμάτων ή μελετών, οι λεπτομέρειες σχετικά με την παροχή εξειδικευμένων σχετικών υπηρεσιών που ανατίθενται σε καθένα από αυτά, ή οι υποχρεώσεις τους για την παροχή επιδημιολογικών δεδομένων προς τον ΕΟΔΥ, καθορίζονται με προγραμματική σύμβαση μεταξύ του ΕΟΔΥ και του φορέα στον οποίο υπάγονται τα τμήματα ή οι μονάδες της παραγράφου 1, ύστερα από έγκριση του Υπουργού Υγείας.
5. Τα Κέντρα Αναφοράς της παραγράφου 1 χρηματοδοτούνται από πιστώσεις που βαρύνουν τον προϋπολογισμό του Υπουργείου Υγείας. Η διαχείριση της χρηματοδότησης πραγματοποιείται από τις αρμόδιες οικονομικές υπηρεσίες των φορέων που αναγνωρίζονται ως Κέντρα Αναφοράς και υπόκεινται στην εποπτεία και τον διαχειριστικό έλεγχο του Υπουργείου Υγείας και των αρμόδιων κατά περίπτωση ελεγκτικών αρχών.
