1. Στη ΔΙ.Μ.Ε.Α. συστήνεται θέση Διοικητή, ο οποίος προΐσταται της Μονάδας, είναι αρμόδιος για την εποπτεία και τον συντονισμό του έργου των Υπηρεσιών της ΔΙ.Μ.Ε.Α. και μεριμνά για την εύρυθμη λειτουργία και την επιχειρησιακή της επάρκεια.
2. Ο Διοικητής ορίζεται με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Επενδύσεων για θητεία τριών (3) ετών, η οποία δύναται να ανανεώνεται για τρία (3) ακόμη έτη. Διοικητής μπορεί να διορίζεται ιδιώτης ή να ανατίθενται καθήκοντα Διοικητή σε μόνιμο ή ιδιωτικού δίκαιου αορίστου χρόνου υπάλληλο, είτε μέσω απόσπασης είτε μέσω μετακίνησης από το Υπουργείο Ανάπτυξης και Επενδύσεων. Απαραίτητη προϋπόθεση για την τοποθέτησή του είναι η επιχειρησιακή εμπειρία στην οργάνωση, τον συντονισμό και την εκτέλεση ευρείας κλίμακας επιχειρήσεων ελέγχου. Οι αποδοχές του Διοικητή καθορίζονται με κοινή απόφαση του Υπουργού Οικονομικών και του καθ’ ύλην αρμόδιου Υπουργού, σύμφωνα με τις ρυθμίσεις του άρθρου 22 του ν. 4354/2015 (Α΄ 176).
3. Σε περίπτωση απουσίας ή κωλύματος, καθήκοντα Διοικητή ασκεί προϊστάμενος διεύθυνσης της ΔΙ.Μ.Ε.Α., όπως κάθε φορά ορίζεται από τον Διοικητή.
