1. Η αρμόδια Διαχειριστική Αρχή για το ΕΠΑλΘ, πραγματοποιεί η ίδια, ή άλλος φορέας υπό την εποπτεία της, τις επαληθεύσεις, σύμφωνα με τις παραγράφους 4, 5 και 6 του άρθρου 125 του Κανονισμού και τηρεί αρχεία για τις επαληθεύσεις που πραγματοποιούνται, σύμφωνα με πρότυπα και διαδικασίες του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου. Ειδικά για το ΠΑΑ οι επαληθεύεις πραγματοποιούνται, σύμφωνα με τις διατάξεις των Κανονισμών 640/ 2014, 809/2014 και 1306/2013.
2. Ειδικά για το ΠΑΑ, υπεύθυνος φορέας για την επαλήθευση των Πράξεων, την επιλεξιμότητα των πραγματοποιηθεισών δαπανών, τη διασφάλιση της αξιοπιστίας του Συστήματος Διαχείρισης και Ελέγχου, καθώς και της νομιμότητας και κανονικότητας των πράξεων είναι ο Ο.ΓΙ.Ε.Κ.Ε.Π.Ε. σύμφωνα με όσα ορίζονται στον Τίτλο V-Συστήματα Ελέγχου και κυρώσεις του Κανονισμού 1306/2013 και εξειδικεύονται στις διατάξεις των Κανονισμών 640/2014 και 809/2014.
3. Η αρμόδια Διαχειριστική Αρχή και ο ΟΠΕΚΕΠΕ, στην περίπτωση διαπίστωσης παράβασης εθνικού ή ενω-σιακού δικαίου, λαμβάνοντας υπόψη το είδος και τη φύση της παράβασης και τις δημοσιονομικές της επιπτώσεις, δύναται να προβεί σε ακύρωση μέρους ή του συνόλου της χρηματοδότησης της πράξης από το ΕΠΑλΘ ή το ΠΑΑ. Όπου απαιτείται τα στοιχεία διαβιβάζονται στα αρμόδια πειθαρχικά όργανα ή στις εισαγγελικές αρχές.
4. Οι Διαχειριστικές Αρχές διενεργούν ελέγχους νομιμότητας των διακηρύξεων, καθώς και των διαδικασιών ανάθεσης των δημοσίων συμβάσεων και των τροποποιήσεων των συμβάσεων αυτών, που αφορούν σε συγχρηματοδοτούμενες πράξεις, προκειμένου να διασφαλιστεί η επιλεξιμότητα των δαπανών τους.
5. Με την Υπουργική Απόφαση Συστήματος Διαχείρισης και Ελέγχου ή άλλη απόφαση του αρμόδιου Υπουργού, εξειδικεύονται οι διαδικασίες του ελέγχου, τα κριτήρια επιλογής των συμβάσεων προς έλεγχο, τυχόν μέθοδοι δειγματοληψίας, τα όργανα ελέγχου, περιπτώσεις απαλλαγής από τον έλεγχο, οι προθεσμίες ολοκλήρωσης του ελέγχου, τα δικαιώματα αντιρρήσεων, λοιπές λεπτομέρειες εφαρμογής των ελέγχων αυτών, καθώς και μέτρα για την πρόληψη και καταπολέμησης της απάτης. Για τις συμβάσεις που ο έλεγχος είναι υποχρεωτικός, η θετική γνώμη της Διαχειριστικής Αρχής ως προς το διενεργούμενο από αυτήν έλεγχο νομιμότητας, αποτελεί όρο για τη χρηματοδότηση της πράξης στο πλαίσιο του ΕΠΑλΘ και του ΠΑΑ.
