Οι απαλλαγές του άρθρου 1 του Ν. 4321/2015 δι-ενεργούνται επί των πρόσθετων φόρων ή τελών του Ν. 2523/1997, του προστίμου του άρθρου 58 του Ν. 4174/2013, του προστίμου του άρθρου 54 του ίδιου νόμου, όταν αυτό επιβάλλεται μετά από έλεγχο αντί του προστίμου του άρθρου 58 κατ' εφαρμογή της παραγράφου 6 του άρθρου 62 του Ν. 4174/2013 καθώς και επί προσαυξήσεων και τόκων εκπρόθεσμης καταβολής των άρθρων 6 του Κ.Ε.Δ.Ε. και 53 του Κ.Φ.Δ., τα οποία υπολογίζονται κατά την είσπραξη, όπως έχουν διαμορφωθεί κατά την ημερομηνία αίτησης για υπαγωγή στη ρύθμιση.
Όταν το πρόστιμο του άρθρου 54 επιβάλλεται αυτοτελώς λόγω εκπρόθεσμης υποβολής δήλωσης και δεν συμβεβαιώνεται με την κύρια οφειλή δεν διενεργείται επ' αυτού απαλλαγή. Σε αυτή την περίπτωση το πρόστιμο δύναται να ρυθμίζεται κατά τα οριζόμενα στις διατάξεις του Ν. 4321/2015 και την παρούσα απόφαση.
Με την υπαγωγή και καθ' όλη τη διάρκεια της ρύθμισης δεν υπολογίζονται τα πρόστιμα των άρθρων 57 και 59 του ΚΦΔ και του άρθρου 6 του ΚΕΔΕ.
Δεν εμπίπτουν στις απαλλαγές του άρθρου 1 του Ν. 4321/2015 τα πρόστιμα και τα πολλαπλά τέλη που έχουν βεβαιωθεί κατ' εφαρμογή των διατάξεων του Τελωνειακού Κώδικα.