Οι δαπάνες που προκαλούνται από τη λειτουργία του Εθνικού Μηχανισμού Πρόληψης και την εκτέλεση του έργου του, αντιμετωπίζονται στο πλαίσιο των κατ’ έτος εγγεγραμμένων στον προϋπολογισμό του Υπουργείου Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης πιστώσεων, ύστερα από πρόταση του Συνηγόρου του Πολίτη.