1. Η Υπηρεσία Υποδοχής και Ταυτοποίησης έχει ίδιο προϋπολογισμό ως ειδικός φορέας του Υπουργείου Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης, όπου εγγράφονται οι αναγκαίες για την λειτουργία του φορέα πιστώσεις, καθώς και κάθε άλλη δαπάνη που συνάδει με την εκπλήρωση των σκοπών του. Ειδικότερα, εγγράφονται πιστώσεις που αφορούν ενδεικτικά: α) αποδοχές του προσωπικού που δεν μισθοδοτείται από τις υπηρεσίες από τις οποίες έχει αποσπαστεί, αμοιβές υπερωριακής απασχόλησης, αμοιβές υπηρεσιών διερμηνείας, οδοιπορικά έξοδα και άλλες συναφείς αποζημιώσεις,β) καταβολή μισθωμάτων για τα οικήματα ή τους χώρους που στεγάζονται οι υπηρεσίες της και δεν ανήκουν στο Δημόσιο, γ) αγορά, μίσθωση, επισκευή και συντήρηση κάθε είδους υλικοτεχνικού εξοπλισμού, δ) την ανάθεση σε φορείς της κοινωνίας των πολιτών έργων των Περιφερειακών Υπηρεσιών, ε) λειτουργικά έξοδα, όπως σίτιση διαμενόντων και έξοδα καθαρισμού των χώρων, έξοδα εκπαίδευσης και επιμόρφωσης του προσωπικού καθώς και τη διενέργεια μελετών ή ερευνών επί θεμάτων αρμοδιότητας της Υπηρεσίας.
2. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης εγγράφονται στον προϋπολογισμό της Υπηρεσίας Υποδοχής και Ταυτοποίησης πιστώσεις για κάθε άλλη έκτακτη δαπάνη, πέρα από όσες διαλαμβάνονται στην παράγραφο 1, που είναι αναγκαία για τη λειτουργία των υπηρεσιών της.
3. Στο Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων εγγράφονται οι πιστώσεις για την πληρωμή έργων που υλοποιούνται για την εκπλήρωση των σκοπών της Υπηρεσίας Υποδοχής και Ταυτοποίησης, τα οποία χρηματοδοτούνται είτε από κοινοτικούς είτε από εθνικούς πόρους και αφορούν ενδεικτικά: α) διοικητικές δαπάνες, β) αγορά ή απαλλοτρίωση εδάφους ή κτισμάτων, γ) προμήθεια και μίσθωση μεταφορικών μέσων, δ) κατασκευές έργων,ε) συντήρηση έργων, στ) μηχανικός και λοιπός κεφαλαιουχικός εξοπλισμός, ζ) μελέτες και έρευνες, η) επιδοτήσεις− οικονομικές ενισχύσεις και θ) λοιπές δαπάνες.
4. Στην Κεντρική Υπηρεσία Υποδοχής και Ταυτοποίησης συνιστάται πάγια προκαταβολή, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 108 του ν. 4270/2014 (Α΄ 143).
5. Η οικονομική διαχείριση της Υπηρεσίας Υποδοχής και Ταυτοποίησης ασκείται από τις αρμόδιες υπηρεσίες της και οι δαπάνες πραγματοποιούνται, ελέγχονται, εκκαθαρίζονται και εντέλλονται σύμφωνα με τις διατάξεις περί δημοσίου λογιστικού και μπορούν να χρηματοδοτούνται από χρηματοδοτικά προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης ή άλλων ευρωπαϊκών ή διεθνών φορέων, συμπεριλαμβανομένων των φορέων της κοινωνίας των πολιτών ή από κάθε είδους άλλους πόρους.
6. Για την κάλυψη των λειτουργικών αναγκών της Υπηρεσίας Υποδοχής και Ταυτοποίησης, επιτρέπεται η σύναψη συμβάσεων υπηρεσιών ή έργου, η δαπάνη των οποίων μπορεί να καλύπτεται από εθνικούς ή κάθε είδους άλλους πόρους, σύμφωνα με τις διατάξεις περί δημόσιου λογιστικού.
7. Η κάλυψη των δαπανών για τη λειτουργία των Κέντρων Υποδοχής και Ταυτοποίησης δύναται να γίνεται και από τον εγκεκριμένο τακτικό προϋπολογισμό του φορέα 07−450 «Υπηρεσία Πρώτης Υποδοχής», πέραν του προϋπολογισμού του Π.Δ.Ε.. Ως λειτουργικές δαπάνες των Κέντρων Υποδοχής και Ταυτοποίησης νοείται και κάθε δαπάνη που αφορά τη φιλοξενία των πολιτών τρίτων χωρών που διαμένουν στις εγκαταστάσεις της.
8. Προμήθειες εγκεκριμένων προϋπολογισμών προγραμμάτων που αφορούν τη διαχείριση των μεταναστευτικών και προσφυγικών ροών και εντάσσονται σε κατεπείγουσες δράσεις (Επείγοντα Μέτρα Ευρωπαϊκών Ταμείων) ή χαρακτηρίζονται με απόφαση του Υπουργού Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης ως επείγοντα, δύνανται, κατ’ εξαίρεση κάθε γενικής ή ειδικής διάταξης, να προκηρύσσονται με βάση τα όρια των ποσών των συγκεκριμένων δράσεων και του ύψους των προϋπολογισμών τους, χωρίς να απαιτείται η ενοποίηση τους με ομοειδείς προμήθειες του τακτικού προϋπολογισμού ή άλλων χρηματοδοτούμενων δράσεων.