Το Τμήμα Γραμματείας του Διοικητή, το οποίο επικουρεί αυτόν στο έργο του, έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α. Την επιμέλεια της αλληλογραφίας, έντυπης και ηλεκτρονικής, και την τήρηση του πρωτοκόλλου και αρχείου του Διοικητή.
β. Την οργάνωση της επικοινωνίας του με τις υπηρεσιακές μονάδες του Ε.Φ.Κ.Α., το προσωπικό και τους συλλόγους του, τους δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς και το κοινό γενικά.
γ. Το συντονισμό για το χειρισμό από τις αρμόδιες κατά περίπτωση υπηρεσίες κάθε θέματος που αφορά τον κοινοβουλευτικό έλεγχο ή τον έλεγχο από τις ανεξάρτητες αρχές.
δ. Τη μέριμνα για τη σωστή εκπλήρωση των εθιμοτυπικών του υποχρεώσεων.
ε. Τη συγκέντρωση των αναγκαίων στοιχείων για την ενημέρωσή του κατά την εν γένει εκπλήρωση των καθηκόντων του.
στ. Τη γραμματειακή υποστήριξη του Δ.Σ. του Ε.Φ.Κ.Α. και την τήρηση των πρακτικών του.
ζ. Την επιμέλεια για την προμήθεια και διαχείριση υλικών.