Τα αποτελέσματα των εγκεκριμένων από τον Υπουργό Οικονομίας και Οικονομικών διασταυρώσεων που διενεργεί η Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων αξιοποιούνται κατόπιν έγκρισης του Υπουργού, είτε κατά τις διατάξεις του άρθρου 16 του ν. 3610/2007 (ΦΕΚ 258 Α') είτε μέσω των αρμοδίων ελεγκτικών αρχών με την παροχή σχετικών οδηγιών, σύμφωνα με τις αρμοδιότητες της Διεύθυνσης Ελέγχου, υπόψη της οποίας τίθενται και των συναρμόδιων κατά αντικείμενο Διευθύνσεων.
Η Διεύθυνση Ελέγχου εποπτεύει την αξιοποίηση των πιο πάνω αποτελεσμάτων από τις αρμόδιες ελεγκτικές αρχές και παρακολουθεί και συγκεντρώνει τα βεβαιούμενα σχετικά ποσά και τα τελικά εν γένει αποτελέσματα.