1. Η Αρχή εξυπηρετείται από Γραμματεία. Η Γραμματεία λειτουργεί σε επίπεδο Διευθύνσεως. Η υπηρεσιακή κατάσταση των υπαλλήλων της διέπεται από τις διατάξεις που ισχύουν εκάστοτε για τους δημόσιους διοικητικούς υπαλλήλους.
2. Η οργάνωση της Γραμματείας, η διαίρεση της σε τμήματα και γραφεία και οι επί μέρους αρμοδιότητες τούτων, ο αριθμός των θέσεων του προσωπικού κατά κλάδους και ειδικότητες και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια καθορίζονται με προεδρικό διάταγμα, που εκδίδεται με πρόταση των Υπουργών Εσωτερικών, Δημόσιας Διοίκησης και Αποκέντρωσης, Οικονομικών και Δικαιοσύνης, ύστερα από εισήγηση της Αρχής, η οποία διατυπώνεται μέσα σε δύο (2) μήνες από τη συγκρότηση της. Με το αυτό διάταγμα προβλέπεται συγκρότηση, ως υπηρεσιακής μονάδας της Γραμματείας, τμήματος Ελεγκτών, η πρόσληψη και η υπηρεσιακή κατάσταση των υπαλλήλων του οποίου ρυθμίζεται κατά παρέκκλιση από τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις. Ο προϊστάμενος της Γραμματείας προέρχεται υποχρεωτικά από τον κλάδο ελεγκτών. Ο αριθμός των θέσεων του πάσης δύσεως προσωπικού της Γραμματείας δεν μπορεί να υπερβαίνει τις τριάντα (30).
Ως υπάλληλοι του Τμήματος Ελεγκτών της Γραμματείας της Αρχής μπορούν να προσλαμβάνονται και δικηγόροι, χωρίς να αποβάλλουν τη δικηγορική ιδιότητα, αλλά με αναστολή της ασκήσεως της δικηγορίας κατά τη διάρκεια της θητείας τους.
3. Η πλήρωση των θέσεων της Γραμματείας γίνεται σύμφωνα με τις εκάστοτε ισχύουσες διστάζεις για την πρόσληψη δημόσιων υπαλλήλων. Ειδικά για τους υπαλλήλους του κλάδου ελεγκτών της Γραμματείας η πρόσληψη τους γίνεται από την Αρχή, με επιλογή ή διαγωνισμό, ύστερα από προκήρυξη της.
4. Τα θέματα υπηρεσιακής κατάστασης του προσωπικού της Γραμματείας κρίνονται από υπηρεσιακό συμβούλιο, που συγκροτείται με απόφαση του Προέδρου της Αρχής και αποτελείται από δύο (2) μέλη της, έναν (1) υπάλληλο που ορίζεται από αυτήν και δύο (2) αιρετούς εκπροσώπους των υπαλλήλων. Κατά τα λοιπά εφαρμόζονται οι εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις για τα υπηρεσιακά συμβούλια του προσωπικού των δημόσιων υπηρεσιών και των νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου.
5. Οι τακτικοί υπάλληλοι της Γραμματείας της Αρχής υπάγονται ως προς την επικουρική ασφάλισή τους στο Ταμείο Αρωγής Προσωπικού Υπηρεσιών Αρμοδιότητας Υπουργείου Δικαιοσύνης. Όσοι προέρχονται από άλλες υπηρεσίες μπορούν να διατηρήσουν τα ταμεία ασφαλίσεως της προηγούμενης υπηρεσίας τους. Οι υπάλληλοι της Γραμματείας ασφαλίζονται υποχρεωτικώς στο Ταμείο Νομικών, υπό τους αυτούς όρους με τους οποίους ασφαλίζονται και οι λοιποί έμμισθοι ασφαλισμένοι του. Οι διατάξεις της παραγράφου αυτής έχουν εφαρμογή και επί των υπαλλήλων που μετατάσσονται στη Γραμματεία της Αρχής από νομικά πρόσωπα ιδιωτικού δικαίου.
6. Κατά την πρώτη εφαρμογή του παρόντος, η πλήρωση των θέσεων προϊσταμένων υπηρεσιακών μονάδων της Γραμματείας, εκτός του Τμήματος Ελεγκτών, γίνεται ύστερα από προκήρυξη της Αρχής είτε με μετάταξη υπαλλήλων βαθμού Α' ή αντίστοιχου του Δημοσίου ή νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου είτε με διορισμό. Διορισμός γίνεται μόνο στις θέσεις που δεν θα πληρωθούν με μετάταξη. Η επιλογή των μετατασσομένων ή διοριζομένων γίνεται από την Αρχή. Ο διορισμός των επιλεγομένων από την Αρχή γίνεται με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης και η μετάταξη με απόφαση του ίδιου και του οικείου υπουργού. Για τη μετάταξη δεν απαιτείται γνώμη του οικείου υπηρεσιακού συμβουλίου της υπηρεσίας από την οποία μετατάσσεται ο υπάλληλος. Τον προϊστάμενο της Γραμματείας επιλέγει η Αρχή από τους υπαλλήλους του κλάδου ελεγκτών, κατά παρέκκλιση από κάθε άλλη διάταξη.
7. Κατά την πρώτη εφαρμογή του παρόντος οι λοιπές θέσεις της Γραμματείας πληρούνται με τις προϋποθέσεις και τη διαδικασία της προηγούμενης παραγράφου. Προτιμούνται υποψήφιοι που έχουν αποδεδειγμένη εμπειρία σε θέματα πληροφορικής. Για τους υπαλλήλους του κλάδου ελεγκτών ισχύουν οι διατάξεις της παρ. 3 του παρόντος άρθρου.
8. Ο χρόνος της προηγούμενης υπηρεσίας των μετατασσομένων από νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου ή νομικά πρόσωπα ιδιωτικού δικαίου λογίζεται ως χρόνος πραγματικής δημόσιας υπηρεσίας για κάθε συνέπεια.
9. Οι διατάξεις της παρ. 4 του άρθρου 18 εφαρμόζονται και επί των υπαλλήλων της Γραμματείας.
10. Στο προσωπικό της Γραμματείας της Αρχής, πλέον του μισθού και των λοιπών επιδομάτων που καταβάλλονται κάθε φορά στους μόνιμους υπαλλήλους του Υπουργείου Δικαιοσύνης, μπορεί να καταβάλλεται και πρόσθετη ειδική αμοιβή που καθορίζεται κατά κατηγορία, με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Δικαιοσύνης.
11. Κατά παρέκκλιση της ισχύουσας νομοθεσίας, επιτρέπεται η απόσπαση στην Αρχή μέχρι δέκα υπαλλήλων κατηγορίας ΠΕ από δημόσιες υπηρεσίες, νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου, Ο.Τ.Α. και νομικά πρόσωπα του ευρύτερου δημόσιου τομέα, με σκοπό την εξειδίκευσή τους στα θέματα προστασίας προσωπικών δεδομένων. Οι υπάλληλοι επιλέγονται με κοινή απόφαση της Αρχής και του φορέα προέλευσης και αποσπώνται με απόφαση του Υπουργού Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και του κατά περίπτωση αρμόδιου Υπουργού. Η απόσπαση διαρκεί δύο έτη, οι αποσπασμένοι αμείβονται από τον φορέα προέλευσής τους και λαμβάνουν το μισθό και τα επιδόματα της οργανικής τους θέσης που δεν συνδέονται με την ενεργό άσκηση των καθηκόντων τους. Μετά τη λήξη της απόσπασης επανέρχονται αυτοδικαίως στη θέση τους.