Η Γενική Γραμματεία Συντονισμού:
α) Καταρτίζει το πρόγραμμα εφαρμογής του κυβερνητικού έργου, το οποίο περιλαμβάνει τις απαιτούμενες δράσεις ανά Υπουργείο για την εφαρμογή των αποφάσεων των κυβερνητικών οργάνων, περιλαμβανομένης της υποβοήθησής τους για την προπαρασκευή της νομοθετικής παραγωγής, καθώς και την παρακολούθηση εφαρμογής των κειμένων διατάξεων μετά τη δημοσίευσή τους. Για την κατάρτιση του προγράμματος λαμβάνεται υπόψη ο προγραμματισμός (σχέδιο δράσης) του κάθε Υπουργείου, ο οποίος υποβάλλεται εντός του πρώτου τριμήνου κάθε έτους στη Γενική Γραμματεία Συντονισμού. Τα σχέδια δράσης των Υπουργείων περιλαμβάνουν τις προτεραιότητες, τους στόχους, τα αναμενόμενα αποτελέσματα, τις απαιτούμενες δράσεις με χρονοδιάγραμμα και μέσα εκτέλεσης, με την κοστολόγησή τους, τα τυχόν συναρμόδια Υπουργεία που εμπλέκονται στις δράσεις, καθώς και τα υπεύθυνα ανά δράση στελέχη. Επίσης, περιλαμβάνουν σε ξεχωριστή ενότητα ετήσιο πρόγραμμα απλούστευσης υφιστάμενων διοικητικών διαδικασιών και μείωσης διοικητικών επιβαρύνσεων.
β) Παρακολουθεί την εφαρμογή του προγράμματος καθόλα τα στάδια, ελέγχει την τήρησή του, σύμφωνα με τα χρονοδιαγράμματα και επεμβαίνει στις περιπτώσεις που διαπιστώνονται αποκλίσεις. Στις περιπτώσεις στις οποίες διαπιστώνεται ανάγκη διορθωτικών επεμβάσεων ή ανασχεδιασμού δράσεων, προωθεί τις απαιτούμενες ενέργειες σε συνεργασία με τα εμπλεκόμενα κατά περίπτωση Υπουργεία.
γ) Διενεργεί τον απαιτούμενο συντονισμό για την κατά τα ως άνω κατάρτιση του προγράμματος εκτέλεσης του κυβερνητικού έργου, καθώς και για την εφαρμογή του, έτσι ώστε να διασφαλίζεται η συνοχή του προγράμματος, με τη συμμετοχή όλων των εμπλεκόμενων μερών στη διαδικασία λήψης των αποφάσεων σε όλα τα επίπεδα. Για την αποτελεσματικότητα του συντονισμού διενεργούνται με ευθύνη της Γενικής Γραμματείας Συντονισμού οι απαιτούμενες συνεργασίες και διαβουλεύσεις σε διοικητικό επίπεδο, ώστε τυχόν διαφωνίες ή άλλα προβλήματα που ανακύπτουν να επιλύονται με αποφάσεις που λαμβάνονται στο επίπεδο αυτό.
Εάν το επίμαχο θέμα δεν επιλυθεί στο διοικητικό επίπεδο, ο οικείος Τομέας ενημερώνει το Γενικό Γραμματέα Συντονισμού, ο οποίος για την άρση των διαφωνιών συγκαλεί διυπουργική σύσκεψη με τους αρμόδιους Γενικούς Γραμματείς των Υπουργείων, στην οποία προεδρεύει ο Υπουργός Επικρατείας ή ο ίδιος για τη λήψη σχετικής απόφασης. Εάν δεν επιτευχθεί άρση των διαφωνιών, ο Γενικός Γραμματέας Συντονισμού ενημερώνει τον Πρωθυπουργό ο οποίος μπορεί να συγκαλέσει διυπουργική σύσκεψη με τη συμμετοχή των αρμόδιων Υπουργών, υπό τον ίδιον ή τον Υπουργό Επικρατείας για τη λήψη τελικής απόφασης για το επίμαχο ζήτημα.
Η απόφαση που λαμβάνεται κατά τις ανωτέρω συσκέψεις για την άρση διαφωνίας καταχωρίζεται σε πρακτικό, το οποίο υπογράφεται για μεν το διοικητικό επίπεδο από τον προϊστάμενο του οικείου Τομέα της Γενικής Γραμματείας Συντονισμού, για δε το πολιτικό επίπεδο από τον Γενικό Γραμματέα Συντονισμού, αποστέλλεται στα οικεία Υπουργεία και στη Γενική Γραμματεία της Κυβέρνησης, η δε εκτέλεσή του είναι υποχρεωτική από όλες τις υπηρεσίες που εμπλέκονται στην εφαρμογή της συγκεκριμένης απόφασης.
Η κατά τα ανωτέρω καθοριζόμενη σειρά των επιπέδων διαβούλευσης για επίλυση τυχόν διαφωνιών δεν αποτελεί τυπικώς τηρητέα σειρά. Ο Γενικός Γραμματέας Συντονισμού μπορεί οποτεδήποτε να συγκαλέσει ad hoc σύσκεψη υπ' αυτόν για την επίλυση διαφωνίας επί συγκεκριμένου θέματος και τη λήψη σχετικής απόφασης, με εκπροσώπους του οικείου ή των οικείων Υπουργείων των οποίων η συμμετοχή κρίνεται αναγκαία.
δ) Εκτελεί ως δικαιούχος πράξεις του ΕΣΠΑ ή άλλες συγχρηματοδοτούμενες από κονδύλια της Ευρωπαϊκής Επιτροπής πράξεις, σχετικές με τις αρμοδιότητές της.
ε) Στο πλαίσιο του συντονιστικού της ρόλου η Γενική Γραμματεία Συντονισμού επιλέγει δράσεις ιδιαίτερης σημασίας και προτεραιότητας για την επιτάχυνση του κυβερνητικού έργου τις οποίες αποστέλλει στους οικείους φορείς για ένταξή τους στα αντίστοιχα επιχειρησιακά προγράμματα και ενημερώνει σχετικά τη Γενική Γραμματεία της Κυβέρνησης. Η ένταξή τους, τηρουμένων των γενικών προϋποθέσεων βάσει των ισχυουσών διατάξεων, είναι υποχρεωτική.
στ) Συνεργάζεται με το Γραφείο Καλής Νομοθέτησης της Γενικής Γραμματείας της Κυβέρνησης για τον έλεγχο της νομοτεχνικής ορθότητας και ποιότητας των προτεινόμενων νομοθετικών ρυθμίσεων. Διατυπώνει υποδείξεις στο οικείο Υπουργείο σχετικά με την εκτίμηση των συνεπειών των παραπάνω ρυθμίσεων, πριν τα σχετικά νομοθετήματα προωθηθούν στη Γενική Γραμματεία της Κυβέρνησης.