Το Δ.Σ. της Α.Ε.Μ.Υ. Α.Ε. καταρτίζει τον Κανονισμό Εσωτερικής Οργάνωσης και Λειτουργίας του Νοσοκομείου, ο οποίος εντάσσεται στον Κανονισμό Εσωτερικής Οργάνωσης και Λειτουργίας (Κ.Ε.Ο.Λ.) της Α.Ε.Μ.Υ. Α.Ε. και εγκρίνεται από τους Υπουργούς Οικονομίας, Ανάπτυξης και Τουρισμού, Οικονομικών και Υγείας. Με τον Κανονισμό Εσωτερικής Οργάνωσης και Λειτουργίας του Νοσοκομείου, όπως αυτός εντάσσεται και τροποποιεί τον Κανονισμό Εσωτερικής Οργάνωσης και λειτουργίας της Α.Ε.Μ.Υ. Α.Ε., ρυθμίζονται ειδικότερα θέματα αναφερόμενα κυρίως στην οργάνωση, διάρθρωση, διοίκηση, στελέχωση και τρόπο λειτουργίας των Ιατρικών, Διοικητικών και λοιπών Υπηρεσιών, τις οργανικές θέσεις του υπηρετούντος προσωπικού, την κατανομή των κλινών στους τομείς, τα τμήματα και τις μονάδες της Ιατρικής Υπηρεσίας, την υπηρεσιακή κατάσταση, τις υποχρεώσεις για όλο το προσωπικό, την εν γένει λειτουργία του Νοσοκομείου, καθώς και κάθε άλλη λεπτομέρεια που είναι απαραίτητη για την επίτευξη των στόχων του Νοσοκομείου.