1. Οι προϊστάμενοι οργανικών μονάδων επιπέδου Γενικής Διεύθυνσης, Διεύθυνσης, Υποδιεύθυνσης και Τμήματος των υπηρεσιών της Αρχής, καθώς και οι υπεύθυνοι Αυτοτελών Γραφείων όλων των υπηρεσιών αυτής, επιλέγονται και τοποθετούνται με απόφαση του Διοικητή της Αρχής, σε αντίστοιχες θέσεις, για θητεία ενός έτους που μπορεί να ανανεώνεται έως και δύο (2) φορές, μέχρι τη συμπλήρωση πλήρους θητείας τριών (3) ετών ή να διακόπτεται πριν τη λήξη της, με όμοια απόφαση και κύριο κριτήριο την επίτευξη των τεθέντων ποιοτικών και ποσοτικών στόχων.
Στους ανωτέρω προϊσταμένους και υπευθύνους παρέχεται το δικαίωμα, μετά τη συμπλήρωση της πλήρους θητείας τριών (3) ετών από την επιλογή και την τοποθέτησή τους, να υποβάλουν αίτηση υποψηφιότητας για την ίδια θέση ευθύνης και για μία (1) ακόμη πλήρη θητεία. Εφόσον επιλεχθούν και τοποθετηθούν στην ίδια θέση ευθύνης για δεύτερη συνεχόμενη θητεία, δεν έχουν δικαίωμα υποβολής νέας αίτησης υποψηφιότητας για τη θέση αυτή, παρά μόνο μετά την παρέλευση τριών (3) ετών από τη λήξη της δεύτερης πλήρους θητείας τους.
2. Με τον Οργανισμό της Αρχής καθορίζονται οι θέσεις προϊσταμένων οργανικών μονάδων και υπεύθυνων αυτοτελών γραφείων της Αρχής, για τις οποίες δεν υπάρχει δικαίωμα επανυποβολής αίτησης υποψηφιότητας για την ίδια θέση, στην οποία έχουν ασκήσει καθήκοντα για μία πλήρη θητεία, για δεύτερη συνεχόμενη θητεία. Οι θέσεις αυτές καθορίζονται με κύριο κριτήριο τη βαρύτητα της θέσης στην επίτευξη των στόχων ελέγχου και βεβαίωσης και αναγκαστικής είσπραξης των εσόδων του Κράτους, καθώς και στην καταπολέμηση του λαθρεμπορίου.
3. Ο Διοικητής δύναται να αποφασίζει την πρόωρη λήξη της θητείας των προϊσταμένων, είτε λόγω μη εκπλήρωσης των τεθέντων ποιοτικών και ποσοτικών στόχων των οργανικών μονάδων στις οποίες προΐστανται, στο πλαίσιο της ετήσιας αξιολόγησης, είτε για σοβαρό λόγο αναγόμενο στην πλημμελή άσκηση των υπηρεσιακών τους καθηκόντων, είτε κατόπιν απαλλαγής των προϊσταμένων από τα καθήκοντά τους για προσωπικούς λόγους.
4. Με απόφαση του Διοικητή, ο προϊστάμενος παύεται υποχρεωτικά πριν από τη λήξη της θητείας του, αν συντρέξουν οι ακόλουθες προϋποθέσεις:
α) αν καταδικασθεί τελεσιδίκως για τα αναφερόμενα αδικήματα στην περίπτωση Α΄ της παραγράφου 1 του άρθρου 8 του Υπαλληλικού Κώδικα,
β) αν στερηθεί λόγω καταδίκης τα πολιτικά του δικαιώματα και για όσο χρόνο διαρκεί η στέρηση αυτή,
γ) αν υποβληθεί σε στερητική δικαστική συμπαράσταση (πλήρη ή μερική) ή το δικαστήριο έχει αποφασίσει συνδυασμό των δύο προηγούμενων ρυθμίσεων,
δ) αν τεθεί σε διαθεσιμότητα ή αργία ή του επιβληθεί τελεσίδικα οποιαδήποτε πειθαρχική ποινή ανώτερη του προστίμου αποδοχών τεσσάρων (4) μηνών για οποιοδήποτε πειθαρχικό παράπτωμα μέχρι τη διαγραφή της ποινής κατά το άρθρο 145 του Κώδικα Κατάστασης Δημοσίων Πολιτικών Διοικητικών Υπαλλήλων και Υπαλλήλων Ν.Π.Δ.Δ. (ν. 3528/2007).
5. Οι προϊστάμενοι έχουν δικαίωμα κατά τη διάρκεια της θητείας τους να υποβάλουν αίτηση υποψηφιότητας επιλογής σε κενή θέση ευθύνης ανώτερου επιπέδου ή να αιτηθούν να μετακινηθούν και να τοποθετηθούν σε θέση ευθύνης ίδιου επιπέδου για το υπόλοιπο της θητείας τους, εφόσον οι υπηρεσιακές ανάγκες το επιτρέπουν.
Ο Διοικητής, δύναται να μετακινεί τους προϊσταμένους σε άλλη θέση ευθύνης του ιδίου επιπέδου, χωρίς σχετική αίτησή τους, όταν επείγουσες και εξαιρετικές περιστάσεις το επιβάλουν.
6. Με απόφαση του Διοικητή, κατόπιν σύμφωνης γνώμης του Συμβουλίου Διοίκησης, δύναται να εξειδικεύεται η πολιτική της Αρχής σε ό,τι αφορά στην περιοδική εναλλαγή των προϊσταμένων, τη δυνατότητα ανανέωσης της θητείας στην ίδια θέση ευθύνης και κάθε συναφές θέμα, λαμβανομένης υπόψη της ιδιαιτερότητας των θέσεων και των ειδικότερων συνθηκών.
