Το αυτοτελές Γραφείο Διοικητικής Υποστήριξης Υποδιοικητή Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων υπάγεται απευθείας στον Υποδιοικητή Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων. Λειτουργεί και στελεχώνεται με υπαλλήλους της Υπηρεσίας με σκοπό τη γραμματειακή υποστήριξη του Υποδιοικητή Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων και τη διευκόλυνση της επικοινωνίας του τόσο με τις οργανικές μονάδες όσο και με φορείς εκτός Υπηρεσίας. Διατηρεί πρωτόκολλο, αρχείο εγγράφων και αλληλογραφίας του Υποδιοικητή Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων, καθώς και βιβλίο επισκεπτών και συναντήσεων.