Το Αυτοτελές Γραφείο Ποιοτικού Ελέγχου και Συμμόρφωσης υπάγεται απευθείας στον Διοικητή και έχει τις εξής αρμοδιότητες:
α. Την εκπόνηση και τον έλεγχο επάρκειας του συστήματος ποιότητας, ο οποίος υλοποιείται με τη διενέργεια τακτικών και έκτακτων ελέγχων ποιότητας στις μονάδες της Υπηρεσίας αναφορικά με την τήρηση των διαδικασιών και προτύπων ποιότητας όπως έχουν υιοθετηθεί.
β. Τον έλεγχο εφαρμογής των κανόνων δικαίου και του εσωτερικού κανονιστικού πλαισίου λειτουργίας της Υπηρεσίας, σύμφωνα με τα διεθνή και εθνικά πρότυπα.
γ. Την αξιολόγηση του προγραμματισμού, του σχεδιασμού και της εκτέλεσης των λειτουργιών της Υπηρεσίας.
δ. Τον έλεγχο πληροφοριακών συστημάτων, πλην αεροναυτιλίας, προκειμένου να διαπιστωθεί κατά πόσον επιτυγχάνουν τους σκοπούς τους και εάν έχουν ενσωματωθεί σε αυτά επαρκείς ασφαλιστικές δικλίδες και μηχανισμοί ελέγχου.
ε. Το σχεδιασμό, την ανάπτυξη, την καθιέρωση και την αποτελεσματική εφαρμογή των συστημάτων διαχείρισης ποιότητας της υπηρεσίας, καθώς επίσης και την εκπόνηση σχετικών οδηγιών εργασίας.
στ. Την παροχή διαβεβαίωσης για την επάρκεια των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου της Υπηρεσίας.
ζ. Την ευθύνη οργάνωσης των διαδικασιών πιστοποίησης της Υπηρεσίας, σύμφωνα με τα απαραίτητα διεθνή πρότυπα και την κείμενη νομοθεσία.
η. Την υποβολή εκθέσεων ελέγχου με ευρήματα και εισηγήσεις προς την Διοίκηση και την παρακολούθηση συμμόρφωσης.
