Το Τμήμα Διοίκησης, Προγραμμάτων και Οικονομικής Διαχείρισης είναι αρμόδιο για:
α. Τη διαχείριση των ζητημάτων υπηρεσιακής κατάστασης του προσωπικού της Ειδικής Γραμματείας,
β. την κατάρτιση του ετήσιου οικονομικού προϋπολογισμού της Ειδικής Γραμματείας, την παρακολούθηση της εκτέλεσής του και την εισήγηση τυχόν αναγκαίων αναμορφώσεων,
γ. την εισήγηση του προϋπολογισμού των εκπονούμενων προγραμμάτων, την παρακολούθηση της επίτευξής του, και την αναζήτηση πόρων και δυνατοτήτων χρηματοδότησης κατά τις κείμενες διατάξεις,
δ. την παρακολούθηση του οικονομικού αντικειμένου των χρηματοδοτικών προγραμμάτων στο πλαίσιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης (Ε.Ε.) ή διεθνών οργανισμών,
ε. την κατάρτιση του ετήσιου οικονομικού απολογισμού της Ειδικής Γραμματείας κατά τις κείμενες διατάξεις,
στ. την καταχώρηση οποιασδήποτε αναγκαίας λογιστικής εγγραφής που αφορά τόσο το σκέλος των εξόδων όσο και το σκέλος των εσόδων,
ζ. την τήρηση πρωτοκόλλου και αρχείου εισερχομένων - εξερχομένων εγγράφων.
