Ο σχεδιασμός και η υλοποίηση των ΤΠΑ και ΠΠΑ διέπονται από τις εξής αρχές προγραμματισμού:
α) Ο συνολικός προϋπολογισμός κάθε ΤΠΑ και ΠΠΑ δεν μπορεί να υπερβαίνει τον προβλεπόμενο για αυτό στο ΕΠΑ. Ο φορέας κατάρτισης συμπεριλαμβάνει τον προϋπολογισμό όλων των έργων του που έχουν ήδη ενταχθεί σε συλλογικές αποφάσεις εθνικών πόρων του ΠΔΕ ή πρόκειται να ενταχθούν μέσα στην προβλεπόμενη προγραμματική περίοδο.
β) Ο προϋπολογισμός περιλαμβάνει κάθε έργο, το οποίο υλοποιείται εν όλω ή εν μέρει κατά τη συγκεκριμένη προγραμματική περίοδο.
γ) Με την απόφαση της παραγράφου Γ του άρθρου 129 του παρόντος, μπορεί να προβλέπονται ειδικότερες ρυθμίσεις στο πλαίσιο των διαδικασιών υλοποίησης των προγραμμάτων, καθώς και ιδιαίτερες προϋποθέσεις ένταξης ειδικών κατηγοριών έργων, όπως τα έργα στρατηγικής σημασίας και τα έργα μεγάλου προϋπολογισμού. Προϋπόθεση για την ένταξη στο ΕΠΑ έργων υποδομής προϋπολογισμού μεγαλύτερου των 20.000.000 ευρώ, μη συμπεριλαμβανομένου ΦΠΑ, αποτελεί η κατάρτιση μελέτης κόστους - οφέλους.
δ) Το ΣΔΕ προβλέπει τη διαδικασία επιβολής κυρώσεων για τις περιπτώσεις διαπιστούμενης μη συμμόρφωσης με τους όρους και τις προϋποθέσεις χρηματοδότησης των έργων στο πλαίσιο του ΕΠΑ και του ΠΔΕ, καθώς και με τους όρους των αποφάσεων ένταξης. Οι εν λόγω κυρώσεις μπορούν να σχετίζονται ιδίως, με τη μείωση των πόρων που κατανέμονται στον φορέα κατά τον σχεδιασμό της επόμενης προγραμματικής περιόδου, με την απένταξη έργων ή/και με την επιβολή δημοσιονομικών διορθώσεων και ανακτήσεων, κατά την έννοια των άρθρων 22 και 71 του ν. 4314/2014 (Α΄ 265).
